后来在鸣人和佐助的战斗中，鸣人体内的九尾查克拉第一次大量溢出，最后鸣人变成了三条尾巴的状态，这个时候的鸣人还算是有些理智的，但是在跟随自来也修行的过程中，八卦封印的松动越来越大，所以鸣人暴走的次数也开始变多，后来更是需要大和的帮助才可以了。
佩恩之战中，鸣人的九尾查克拉彻底暴走，而这也是九尾距离自由最近的一次，只不过这一次暴走的时候，四代火影的查克拉出现，并且巩固了封印，这也让鸣人暂时进入到了安全的状态，这场战斗结束之后，鸣人前往无名岛，并且跟随奇拉比一起学习如何控制尾兽的力量。
这个时候的鸣人依旧没有被九尾认可，而当鸣人打败了体内的九尾的时候，九尾还是十分愤怒的，但是在前往主战场的时候，九尾其实就已经有些动摇了，只因为鸣人对他说了一句话，那就是有朝一日，自己会消除九尾内心的憎恨，而九尾也很了解鸣人，因为他会说到做到。
所以九尾就这样一直看着鸣人，看看鸣人是如何处理和其他尾兽之间的关系的，直到九尾看到了鸣人和四尾孙悟空之间的对话，九尾才真正确定了，鸣人真的是全心全意把他们尾兽当成朋友，而不是战斗的工具，而这个时候还有更关键的一个因素，让九尾直接承认了鸣人。
