书接上文：有着与人类相同的样貌，但是却只能靠吞食人类的血肉才能够存活的存在“喰种”。为了保护人们免遭他们危害而设立的“CCG”（喰种对策局），组建了一支被称为“库因克斯”的小队。他们由一群经过特殊手术之后获得了喰种能力的人类所构成，作为导师统管该小队的佐佐木琲世，不知出于什么原因没有两年以前的所有记忆。然后他身上，有一个CCG内部人员广为知晓的秘密。库因克斯成立之后没多久，就频繁发生与只侵害女性并且只捕食躯干部位的喰种“TORSO”有关的事件。就在CCG积极搜查之时，库因克斯的班长－瓜江久生开始了独自搜查，小队成员知吟士也顺势与其一起行动。随后一名自称掘千绘的自由摄影师找到了他们两人并称自己可以提供情报，然而她却要求拿和他们有关的“某样奇怪的东西”作为报酬
在库因克斯的成员六月透奋不顾身的追踪之
下，TORSO被及时赶到的瓜江、不知逼入了死角，无路可逃。但就在这时，一个被称为大蛇的喰种突然出现，局面随之逆转。稍微晚到了一会的琲世前来增援，他单独一人与大蛇对抗，但大蛇是被指定为“S～（S以上）级”危险度极高的喰种。琲世因为他那恐怖的实力而陷入苦战。为了保护部下们，琲世决定倾全力战斗，但那样需要解放他体内那份过于强大、甚至自己都难以驾驭的“喰种之力”
一心想着要在CCG内往上爬的瓜江，为了获得更加强大的力量，通过伪
造自己上司琲世的许可，从而接受了提升自己体内的赫子的运转等级的手术。另一方面，库因克斯班和由精英搜查官铃屋什造率领的铃屋班，开始一起执行对一个被称作“胡桃夹子”的喰种的联合搜查。接着他们得知，胡桃夹子为了在与SS级喰种“Big Madam”有关的拍卖会上展出商品，正在不断绑架人类，对象主要为年轻女性
由于六月顺利地从胡桃夹子那里套出了情报，众人得知了下一次拍卖会的概要情况。CCG内部决定借此机会展开大规模的喰种讨伐作战，让六月以及自愿报名的什造作为商品潜入会场。当天，会场内充斥着各式“商品”、顾客、还有Big Madam雇来当保镖的青桐树成员。被逼和什造分开，并且断了与外界联系的六月，怀着不安，就那样被带去拍卖会…
由于什造的奇袭，整个拍卖会场陷入一片混乱。在外面待机的“CCG”部队借此机会纷纷冲了进去。在大乱战之中，六月总算是成功逃了出来，然而侍奉月山家的喰种，叶·冯·罗斯华尔德却对他穷追不舍，将他逼入了绝境。紧接着琲世和库因克斯班赶到了六月身边，但是…！？另一边，正在执行讨伐作战的CCG搜查官们，在面对实际战力比报告中记载的更强的胡桃夹子，以及一个“半喰种”，被称为“枭”的青桐树成员时，被迫陷入预料之外的苦战之中。
脱离战线的六月和负责保护他的瓜江，发现了许多
