狄仁杰当宰相的第二年（692年），就被酷吏来俊臣纳入了“黑名单”，被诬陷谋反抓到了牢中。
狄仁杰作为司法系统的翘楚，非常清楚当时的司法程序已被破坏殆尽，为了不被酷刑直接*死，立即承认了谋反的“事实”：“大周革命，万物唯新，唐朝旧臣，甘从诛戮。反是实！”来俊臣因此没有对他用刑。
判官王德寿诱惑他说：“你只要把官员杨执柔引为同党，就能免去一死。”
此时的狄公，可以用走投无路来形容，他哭喊着“皇天后土，竟让我狄仁杰做这样卑劣之事！”说着用头撞柱，血流满面，昏死过去。酷吏们无奈，只好暂时放他一马，放松了看管。
后来狄公通过棉衣藏书，成功让家属知道他在狱中情况，并上告武则天。武则天经过公堂对质，才知道狄公的“谢死表”等都是酷吏们伪造的，但由于狄仁杰认罪在先，被贬为彭泽令。
狄公逃脱大难，来到了几百年前陶渊明隐居的地方过了几年清静日子。
后来，突厥犯边，武则天又想起了狄仁杰，重新提拔他为魏州刺史，后来又担任幽州都督、河北道安抚大使。
在任期间，狄公针对当地百姓因突厥侵害大量逃亡，建议朝廷不要滥捕逃亡的百姓，给他们一条生路，并在当地发展生产，安抚居民，当地老百姓感恩他的功德，为其树碑。
神功元年（697年），狄仁杰重新崛起，第二次担任宰相，这时他已经68岁了。
此时契丹犯边，屡屡重创唐军，狄仁杰建议采取分化策略，成功招降了契丹将领李楷固、骆务整，他们成为朝廷的2员得力大将，反过来帮助平定了契丹叛乱。武则天非常高兴，认为狄公居功甚伟。
晚年的武则天非常信任狄仁杰，狄仁杰也举荐了很多贤才，结束了酷吏政治。他提拔的朝廷重臣有数十人，包括张柬之、桓彦范、敬晖、窦怀贞、姚崇等。这些重臣对于光复唐朝、缔造后来的开元盛世起到了关键作用。
狄仁杰70岁时，武则天任命其为中书令，总揽朝政，准备让其大干一番。可惜狄公此时已风烛残年，加上操劳过度，很快于当年病逝，结束了忧国忧民、跌宕起伏、政绩斐然的一生。
鲁迅先生曾说：“我们自古以来，就有埋头苦*人，有拼命硬*人，有为民请命的人，有舍身求法的人……虽是等于为帝王将相作家谱的所谓‘正史’，也往往掩不住他们的光耀，这就是中国的脊梁。”
狄仁杰就是这样的人，他起于微末，在波谲云诡的武后之世，始终拒绝随波逐流，在危难时刻多次挺身而出，为民请命，力挽狂澜，毕生保持了“仁”与“杰”的本色，造福了千千万万的民众。
千载而下，狄公依然让人追慕和缅怀不已！
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