《潜伏者》的故事主要围绕我方特工方嘉树的个人特工经历展开。跟《无间》一样，《潜伏者》的故事也发生在汪伪统治下的上海，我方特工方嘉树奉命潜伏敌人76号。而且，方嘉树不仅仅是我方特工，同时还是我方潜入军统的尖刀。
一次行动过后，方嘉树的行动被敌人怀疑，有全面暴露的风险。为了保证方嘉树不暴露，我方派出特工陶玉玲带着两个孩子，跟方嘉树组成假夫妻，以迷惑敌人视线，同时也是为了帮助他能更好的工作。
敌人非常狡猾，不断对方嘉树进行甄别，好在方嘉树足够聪明，利用自己多重特工的身份，多次化险为夷，摆脱敌人的嫌疑。最终，方嘉树在我方战友的配合下，传出了大量重要情报，为抗战的最终胜利，贡献了自己的力量。
看完剧情介绍，大家应该明白《潜伏者》跟《潜伏》的区别了。两部剧的主线剧情，真的可以说是一个模子出来的一样。都是假扮夫妻，都是多重间谍，只不过不同的是，作为主要助手的陶玉玲，跟《潜伏》中姚晨扮演的王翠平一比，要多出２个孩子。
多一个人就意味着更大的风险，多2个孩子，其中的危险大家可想而知。
