第十一任博士
2010年春，全新的《神秘博士》第五季正式开播，总编剧换成了史蒂文·莫法特，而主演换成了史上最年轻的博士饰演者马特·史密斯（Matt Smith）。这是一位妥妥的80后，出生于1984年，饰演博士的时候年仅26岁。而饰演博士女伴的则是大美女凯伦·吉兰（Karen Sheila Gillan），出生于1987年，当时年仅23岁，而且是第一次担任主演。
BBC推出的《神秘博士》第五季的DVD封面
实际上，《神秘博士》第五季至第七季，妥妥的成为《神秘博士》有史以来编剧脑力最旺盛，主线剧情最完整连贯，感情渲染最充沛丰满的三季。第五季中，年轻帅气、说话疯疯癫癫的十一任博士和女伴Amy Pond一起穿越古代威尼斯、遇见梵高、帮助丘吉尔、挫败哭泣天使，到季终两集打开潘多拉盒子，最后甚至重启了整个宇宙，可以说一浪高过一浪。到第六季，《神秘博士》摄制组跑到了美国取景拍摄，重要人物River Song登场，和博士上演了各种相爱相*，最后终于和博士完婚。其中年轻博士和River之间的调情，成为这一季魅力永恒的看点。
《神秘博士》第六季海报
到第七季第五集，已经做博士女伴长达两季半之久的凯伦·吉兰饰演的Amy Pond，在"天使入侵曼哈顿"的故事中与博士作别。（凯伦·吉兰本人离开《神秘博士》之后赴好莱坞发展，在漫威电影中饰演了星云一角，并开始尝试自编自导创作电影）
从第五季到第七季第五集这里，两季半的主线剧情构成了一个既绵延又完整的科幻故事。年轻帅气、活力四射、灵动十足的新任博士，美丽洒脱的博士女伴Amy Pond，神秘睿智的博士妻子River……几个主线人物之间的分与合、情与爱，始终牵引着观众的感情神经，让人欲罢不能。
Amy Pond的离去让《神秘博士》的基调陷入低沉阴郁。在其后的2012年圣诞特别篇《雪人》（<The Snowmen>）中，博士的新一任女伴Clara登场，并成为《神秘博士》第七季后八集主线剧情的关键人物。
《神秘博士》第七季中的第十一博士，和新的女伴Clara
从第五季到第七季，这段时间绝对是总编剧史蒂文·莫法特创作力的井喷时期。无论是科幻中的赛博朋克、蒸汽朋克还是太空歌剧，各种风格都在这几季里面被玩的游刃有余，同时还能把人物与人物之间的感情线处理的举重若轻让人欲罢不能。在第七季的第十三集季终集，史蒂文·莫法特用独特的方式回溯和致敬了从第一任到第十一任所有的博士，并在结尾挖了一个天坑。
