1656年，荷兰消灭特尔纳特苏丹国，控制了整个马鲁古群岛。 1668年，荷兰消灭望加锡苏丹国。 1662年，苏门答腊的米南保人发动反对亚齐的起义，他们寻求荷兰人帮助，荷兰得以进驻巴东。 1674年，爪哇爆发大规模叛乱，苏丹请求荷兰帮助镇压。作为军费的补偿，1677年荷兰获得了勃良安和三宝垄港两块土地。 1684年，万丹发生内乱， 荷兰扶植亲信登上王位，万丹失去了独立。
17世纪末，荷兰已成为爪哇的霸主，马塔兰的苏丹只是他们的仆从。爪哇人不能接受这样的局面，王是内部争吵不断，引发叛乱。荷兰人趁机干涉，最终造成爪哇内战。
荷兰在爪哇内战中收获颇丰，取得了很多土地。1704-1707年，爪哇把井里汶和马都拉割让给荷兰人。1740年，荷兰人还制造了巴达维亚大屠*，5000名华人被害。幸存者逃往北方，荷兰人又借口于1743年获得了爪哇北部沿海和最东部地区。
之后，马塔兰苏丹迁都苏拉卡尔塔。爪哇王室很不团结，国土再小依然阻挡不住分裂，跟战国时期的周王室有一拼。1749-1757年王位继承战后，马塔兰一分为三，一个是苏拉卡尔塔国，一个是日惹苏丹国，最后一个是首都也在苏拉卡尔塔的莽古尼加拉苏丹国。
18世纪末，荷兰的海上霸权已被英国取代，加上香料贸易的衰落，荷兰东印度公司的利润大大减少，军事和行政开支却不断在增加，已到了濒临*的地步。同时，荷兰人在群岛的统治对当地土著并没有太大改变，因为他们只局限于和地方君主打交道。但是，荷兰在爪哇直辖地对咖啡种植园农民的剥削大大激了矛盾。
1795年，法国入侵荷兰，建立了法国保护下的巴达维亚共和国。逃往英国的荷兰执政害怕在印尼的殖民地落入法国之手，所以将荷兰东印度公司交给英国人管理。于是，英国开始征服印尼。1799年，荷兰东印度公司解散。1811年，英国占领爪哇大片土地，由莱佛士任督府管理。不过，1815年荷兰王国成立后，英国把东印度公司及其殖民地还给了荷兰，荷兰恢复了巴达维亚殖民政权。
但是，此后英国与荷兰在马六甲海峡地区展开争夺。1818年，英国从荷兰手里夺取马六甲。为了避免冲突升级，1824年双方签订《伦敦协议》，划分了各自的势力范围：英国控制海峡北部，荷兰控制海峡南部；英国把明古鲁交给荷兰，荷兰承认英国拥有马六甲。
1825年，爪哇再次发生战争，当地一位亲王以维护伊斯兰名义排斥外国人，华人也受到冲击和屠*。于是，荷兰人派军镇压。1830年，荷兰吞并了日惹苏丹国和苏拉卡尔塔国大片领土，但保留了爪哇贵族。虽然赢得了土地，但却耗费了大量的财力，财政状况急剧恶化。
