但此时哥斯拉突袭，上岸把人类城市打了个稀巴烂，于是人们开始恐慌，想找到扼制哥斯拉的办法。
寡头资本家跳出来，鼓动博士去地心探险，拿到巨兽成长的原始力量，打败哥斯拉，拯救全世界。
博士正怀才不遇，这一下打了鸡血，就决定从南极空洞进入地心。但单靠他们找不到路，就把主意打到金刚头上，顺便送金刚回老家。
于是博士一行人带着金刚，从南极空洞进地心，寻找能够诞生巨兽的力量。
但在资本家公司的正义内鬼，发现哥斯拉袭击人类城市不是偶然，而是资本家公司有神秘东西在刺激哥斯拉，这事背后有阴谋。
两条线齐头并进，一是博士带着金刚进地下空洞，另一条是内鬼一路追查， 破解寡头资本家的阴谋。
《哥斯拉大战金刚》两个怪兽男主，以金刚线为主，因为有个土著小女孩能和他交流，因此承担和人类沟通的文戏。
哥斯拉就比较高冷了，基本不出现，出现就是打，打城市、打轮船、打金刚，属于人狠话不多类型。
