在他们居住的下水道中，斯普林特向她讲述了自己和四位神龟的身世。原来最初斯普林特只是一只老鼠，它亲眼目睹了一场车祸。一个小男孩拿着一个玻璃瓶子，里面装着四只宠物乌龟。这时一个盲人正在过马路，一辆高速行驶的卡车向他驶来。在这紧急关头，一位年轻人将盲人救了下来。
但这一举动却将男孩的瓶子打破，四只乌龟流进了下水道中。而为了躲避过马路的盲人，卡车司机猛打方向盘，将一个金属瓶子从车厢中甩出，流出的液体溅到了四只乌龟的身上。而在帮助乌龟清理这些液体时，斯普林特也沾上了这些液体。
一觉醒来后，斯普林特发现这些乌龟长大了一倍，它自己也变得更大更聪明了，原来这都是神秘液体造成的。从此，它们平静的生活在一起。由于意识到外面的世界很危险，斯普林特决定教四位神龟忍术。
它在下水道中捡到了一本文艺复兴时期的书籍，从这本书中为每只乌龟起了名字。它们分别是达芬奇、多纳泰罗、拉斐尔、米开朗基罗，它们有着不同的性格，使用着不同的武器，和邪恶势力进行着斗争。而斯普林特之前在忍术大师的家中呆过，慢慢的学会了忍术。
这一版的《忍者神龟》画质更好，更接近于成人化。虽然没有1987版的诙谐搞笑，但动作场面更加激烈。这两版内容各有特点，对神龟们的身世有着不同的解释。每个人看的版本不同，对它们的评价也是不同。但不管怎样，它们都是我们的童年。
时光匆匆，一切都已是往事。转眼间我们已经长大成人，早已经变了模样。但回想起这一切，脑海中就会浮现出相关片段，一切既熟悉又陌生，仿佛就在昨日一样。
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