（本文所有内容仅为作者个人的分析与猜测，如有不同意见，欢迎一同探讨）
大家好，这里是柯研所rchh45。
《名侦探柯南》中的主线剧情因其精彩的智斗与对决，巧妙的线索安排和伏笔设置，一直以来具有巨大的吸引力，目前也是很多粉丝追漫追番的动力。从今天起，我将带大家以漫画为基准，从头梳理一遍柯南的主线剧情，希望能给大家展现出其魅力所在~
首先，我们从最“古老”的篇章——黑色探索篇讲起，本篇包含从File.1工藤新一变小至File.242杯户饭店事件落幕其间242话的内容。
注：File.234-237《黑暗中的死角》虽在本篇的范围之内，但其真正发挥作用是在下一篇章中，故未在表中列出。
工藤新一是日本有名的高中生侦探，有一次在与青梅竹马的同学毛利兰一起到游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。当时新一只顾着看交易，却忽略了背后来的另一个同伙。新一被他们灌下奇怪的药，醒来的时候发现，身体居然缩小了！变成小孩子的新一逃回了自己家门口，遇到了阿笠博士。博士了解情况后将新一带到家里，并对新一说，为了他和身边的人的安全，他的真实身份绝对不能被发现。此时小兰到新一家找他，当被问起名字时，新一报出了“江户川柯南”这个名字。随后，柯南住进了小兰家，利用小兰父亲毛利小五郎的侦探身份，搜查黑衣组织的情报……柯南与这个谜团重重的组织的斗争开始了！
然而，第一次与组织的接触，却是以一个生命在眼前的逝去为代价……
这一天，一个叫广田雅美的女子前来毛利侦探事务所。广田雅美表面上在找她爸爸，实际上是10亿元抢劫案的主谋，同伙携款潜逃后一直在找寻同伙的下落。最后她成功拿回10亿元，将这些钱放在酒店柜子里后，就去与组织的两个成员——琴酒和伏特加会面。广田雅美本名宫野明美，组织跟她约定，如果抢劫10亿元的任务成功，就让她和她妹妹离开组织，否则就*了她们，现在她成功完成任务，叫琴酒带她妹妹过来。
可组织本来就没有放走她妹妹的打算。由于明美男朋友的关系，组织不打算放过她，本想以任务失败为由除掉她，可她意外地完成了任务。组织对除掉明美的态度十分坚决，无论怎样都是死路一条。琴酒直接开枪*了明美，将枪扔在附近后离开了。
柯南随后赶到，遇见了奄奄一息的明美。明美告诉柯南，她只是这个组织最基层的人员，唯一知道的是组织的代表色是黑色，都穿着黑色的衣服，就像一群乌鸦一样。明美将寄放10亿元的柜台钥匙交给柯南，希望柯南能比组织早一步拿走。“拜托你了，小侦探……”明美说完后，就永远闭上了眼睛……
（File.16 恶魔般的女子）
由于枪上发现了明美的指纹，这起案件就以明美畏罪自*结案，酒店里的10亿元最终也被找到。可柯南知道，这起案件真正的幕后主使者，仍在逍遥法外……
值得注意的是，宫野明美死亡案遭到动画组魔改，琴酒和伏特加被改成了与组织无关的人物，明美最后也没有死。为了弥补这个bug，动画组只好又让明美抢了一次银行，明美的抢钱金额翻了整整一番。
第二次与组织接触，是在新干线上。柯南在新干线上遇到了当初那两个黑衣男子，并得到了他们的代号琴酒和伏特加。这段剧情又双叒叕遭到动画组魔改，琴酒和伏特加被改成两个无关人物，颜值也差了十万八千里。
第三次与组织接触，是在游戏发布会上。柯南偶遇正在与伏特加通话的组织成员龙舌兰，得知他在和某个人交易。不幸的是，由于他从交易对象那里获得号码牌被人调换过，他拿到的是装满炸弹的公文包，在厕所中查看时被炸死了。柯南从他的交易对象那里了解到，组织想要收购的是全世界能力杰出的电脑程式设计师名单，他们每次都在大黑大楼顶层的酒吧见面。柯南刚赶到那家酒吧，酒吧就被炸毁了，线索又一次中断。
这段时期，柯南都是单打独斗地搜集组织的情报，得到的情报也比较少。而改变这个现状的，是一个转学生的到来……
这一天，柯南所在的班级转来了一位新同学——灰原哀。
（File.176 转校生是…）
转来当天少侦就卷入了一起案件中，案件解决后，柯南负责送灰原回家。回家的路上，灰原默念：“APTX4869……这就是你被灌下的药物的名称。”柯南一开始不信，灰原就继续说道，这是组织命令她研制的毒药，而她现在也吃了这个药。她是组织的成员，代号雪莉！
（File.178 代号雪莉）
灰原原来是组织里的药物研发人员宫野志保，宫野明美的妹妹。组织*死了明美，却并不告诉灰原原因，灰原就用停止药物研究来反抗。组织将灰原关到房间里等待上级判决，绝望之际灰原吞下A药企图自*，幸运的是这种药物产生了与柯南同样的效果，灰原变成了小孩子，从房间中逃了出来。
由于服用药物的人员中只有新一没有确定死亡，灰原曾两次和组织的人到新一家调查。在第二次调查的时候，灰原发现新一小时候的衣服全部不见了。结合之前某只小白鼠服药后退化的实验结果，灰原有了一个可怕的想法：新一也像这只小白鼠一样，变成了小孩子。出于对这个实验对象的浓厚兴趣，灰原隐瞒了这个发现，并将A药名单上新一的信息由“不明”改成了“死亡”。现在灰原逃离组织，唯一可依赖的就是和她有相同遭遇的新一了。灰原在去往新一家的途中倒在了新一家门口，被博士发现收留。
了解缘由后，柯南考虑到，组织现在正在疯狂地寻找她，如果她随便乱跑，很有可能会被组织发现，到时候自己也迟早会被揭穿，于是允许了灰原在博士家的寄住。
灰原想到曾将带有药物信息的磁片寄给了姐姐，而这张磁片现在在南洋大学的广田教授手上，柯南、灰原和博士一起去广田教授家拿取磁片以获取药物信息，不料教授被*，他们在案件结束的一周后才拿到磁片。然而，在他们试图用电脑打开磁片时发现，这张磁片被装入了暗夜男爵病毒，若不用组织的电脑打开，里面的资料就会被全部销毁！辛辛苦苦拿到的药物资料一瞬间全部消失。
不过，虽然药物资料消失了，但柯南身边还是多了一个知悉组织信息的人，多了一个与他一同对抗组织的“战友”，柯南在与组织的对抗的道路上又迈出了一大步。
