在游戏一周目的结尾2B和9S合力打败了因亚当死亡而发狂的夏娃，迎来了暴风雨之后的短暂和平，到此为止这个故事还不能说有多么出彩，只能算平平无奇，但是游戏埋了那么多伏笔肯定要给玩家解答的。
通常情况下我们需要完成游戏三周目才能全部体验到游戏的全部剧情，一周目时我们操纵的是2B小姐姐，二周目主角则变成了小正太9S，三周目时我们需要反复操纵9S和A2，一点点抽丝剥茧的了解这个世界的全貌，也是从三周目开始，横尾太郎的剧本才真正开始发力（刀）。（温馨提示，下面涉及大量剧透）
在三周目开始时，Yorha部队认为彻底消灭机械生物的时机已到，并率领大家发动了总攻，可是在战斗中途，Yorha部队却感染了机械生物的病毒，并开始发狂般地攻击友军。
不仅如此，蔓延的病毒还污染了月球基地的网络，所有连接网络的人造人都会因此感染病毒，最后月球基地被毁，司令官死亡，Yorha部队几乎全军覆灭。
这时我们才知道所谓的Yorha计划不过是人造人的自欺欺人，为了提高战意，他们掩盖自己已失去被制作出的唯一目的——守护人类（因为人类早已灭绝），开启了利用机械生命体为核心制作新一代人造人的Yorha计划：制造Yorha部队，并以月球的服务器伪造出人类仍在活着的假象，当Yorha部队收集到了足够人造人使用的数据后，便放出信息让机械生物直接摧毁基地，掩盖计划。
所以无论是Yorha部队感染病毒，还是月球基地被毁，都是计划中的安排，不存在偶然性和意外，只是不幸的是，我们喜爱的2B也在这一过程中感染了病毒。
回到地球上与9S失散的她在玩家的操纵下不断挣扎着向前走，就在生死存亡之际，2B遇到了“叛逃者”A2，她将存有自己回忆数据的白之约定托付给了A2，希望A2能替其照顾9S，并恳求她*死已经感染了病毒无药可救的自己。
命运却在此刻开了一个玩笑，当A2接过刀并刺向2B时，9S正好赶到并目睹了这一切，看到这一幕的他彻底失控，并在之后的流程中为了复仇不断追逐着A2。
这里我们也说说A2，她是Yorha部队试作型机体，在一次任务中她的伙伴全部牺牲，然后她在抵达目的地后得知了这次作战的真相：全部作战都是由司令官一手策划，其真实的目的是为了完成实验数据的收集，而等待A2她们这些实验部队的只有死亡这一结局。
