片中，男女主最初面临两个选择。
红药丸代表“跟我前进，带你去看真相”；
蓝色药丸代表“从梦中醒来，认为看到的只是做了假梦”。
他毫不犹豫选择了前者。
因为这个选择，才有了后面发生的一系列事情，有“有因才有果”的意味。
而究竟哪个世界才是真实的？是虚拟的？
这颇有“庄周梦蝶”——不知是庄周做梦变成了蝴蝶？还是蝴蝶做梦变成了庄周？的感觉。
区别于大多数科幻片，《黑客帝国》全系列的结局，既没有让人类毁灭，也没有让人类解放。
它超脱现实的思维，认为比肉体更高等的存在，是意识。
意识，是人类进化的尽头。
这背后是一个足以敲打众生的内核——
假如梦境美好，现实残酷，作为拥有自由意志的人类，该作何选择？
这其实是一个很难作答的问题，因为人类常把自身被基因驱使的*，当作自由意志的体现。
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