第二次是在征王庆时候，遭逢毒焰鬼王寇烕，燕青劝卢俊义不宜亲自临阵，卢俊义只是不理，燕青便请卢俊义拨给他五百步兵，见燕青领着众人不停砍伐树木，卢俊义冷笑不止！然而一跟毒焰鬼王短兵相接，卢俊义便再也笑不出来了，只见那鬼王口喷烈火，四周地上全部腾腾火炙、烈烈烟生，卢俊义带领众将只顾逃命，霎时间丢盔弃甲、焦头烂额，被烧死者不下五千！到了平泉桥时，仓皇逃窜的士兵们列不成阵，将桥也压榻了，幸亏燕青带着五百步兵搭了两座浮桥，这才救了卢俊义和两万军士的性命！
第三次就是平定方腊之乱后，燕青临走苦劝卢俊义跟自己走，卢俊义不同意，反问燕青：你辞了我，要去哪里？燕青只说了八个字：“也只在主公前后！”后来燕青还是想着暗中保护主人，而卢俊义之所以还是被害死，是因为高俅将水银藏在赵佶所赐的御膳里，卢俊义是在宫里当着赵佶的面吃了，燕青当然无从知晓！而中毒之后，卢俊义走得又是水路，燕青更是无法藏在左近保护，实在是卢俊义命数该尽了！
相传，燕青最后是带着一代名妓李师师一起归隐山林，不知所踪的。而燕青之所以最后能这么潇洒，能够和李师师无恙归隐，其实他有一道“护身符”，这个“护身符”——宋徽宗给他的赦书。
原来，通过李师师的引荐见到宋徽宗后，燕青吹箫唱曲，受宋徽宗赏识。之后他谎称自己是被梁山掳劫三年，得来了宋徽宗的赦书。也正是因为有这个赦免令，燕青最终和李师师成了一对神仙眷侣。
