但刚进游戏，就发生了场外事故。
茧的研发者兼负责人坚村在发布会会场遭到*害。
同时间，自称“诺亚方舟”的人工智能闯入茧的系统，并切断茧中50名儿童与外界的连接，将他们困在虚拟世界中。
只要有一个人通关就算赢，而如果没有人能够在游戏中存活到最后，则所有参与游戏的儿童都将在茧中丧命。
双线推理正式开始。
一方面，发布会的特别来宾，新一的父亲工藤优作在会场调查坚村遇害的真相；
游戏里，柯南带领着小伙伴在游戏中解谜，试图寻找诺亚方舟控制游戏的真相。
他们在游戏中来到了19世纪的伦敦贝克街。
那里有在历史中真实存在过的恶名昭著的连环*人犯开膛手杰克，也有柯南·道尔笔下经典侦探角色夏洛克·福尔摩斯融合其中。
对于剧本，野泽尚的目标是要为自己的孩子创作。
他提议以当时世界最尖端的VR游戏当作舞台，并将影片的主题定为“父与子”。
M6的父子关系确实是一亮点。
工藤新一和工藤优作全程虽无交谈，但父子之间的心灵交流贯穿首尾，十分有趣。
在游戏中，优作也作为导师角色，给新一指点道路。
弘树和坚村这条线也很让人动容。
天才少年在该享受父母疼爱的年龄，终日与代码为伴，受资本家压迫。
坚村怀着对弘树的愧疚，卧薪尝胆寻找真相，奈何最终父子俩都丧命黄泉。
反面例子当然就是财阀政客对子女的溺爱与纵容，片中呈现的多数小孩或懦弱无脑，或骄横跋扈。
