唯有如此，才能最终拆除人与人之间的心灵屏障，使不同的心灵世界能够相互补充，走向进化的更高阶——融为一体。
在2000年，人类如愿以偿地在南极发现了白之月以及亚当。
SEELE在南极的白之月里秘密建设基地，并招揽了当世最杰出的科学家。
经过多年努力，由葛城博士提出的S²理论完美地解释了神之奥秘，之后人类便迫不及待地想进行S²理论的验证实验。
实验前一个月，运来了从死海打捞起的朗基努斯之枪。
当时有一个名叫六分仪的年轻人，为了能够进入seele组织，主动接近seele高层的女儿——碇唯，并不惜改掉了自己的姓氏，入赘到碇家。两人成婚后，这个男人成功加入了seele，并成为了组织的第十三号成员。
这个男人，后来的名字就叫做碇源堂，也就是nerv组织的碇司令，男主角碇真嗣的亲生父亲。
2000年第二次冲击的前一天，碇源堂知道了seele幕后的计划——利用联合国的贪婪引发第二次冲击，所以碇源堂在冲击的前一天携带了大量的资料回到了日本，避开了这次灾难。
2000年9月13日，S²实验启动，实验人员将S²基因植入了亚当体内，之后，亚当果然苏醒；
但紧接着以朗基努斯之枪封印亚当的行动却没有成功，圣枪沉入了海底；
惊恐之中，实验人员只得按预定方案尝试启动了亚当的自爆系统，随后，亚当的A.T 力场反转，核心破碎，最终未能来得及发动创世纪就在一场大爆炸中灰飞烟灭。
人类虽然避免了灭顶之灾，但仍引发了一场浩劫：
亚当自爆所释放出的巨大能量造成南极冰川融化、整个南极变成了一片红海，海平面上升，地磁偏转、气候异变、经济崩溃、战争不断……世界人口锐减二分之一，这次浩劫被称作第二次冲击。
第二次冲击唤醒了所有的使徒，自此人类补全计划也正式启动。
而人们发现，地球上所发生的灾难，与死海文书所记载的预言如出一辙，这显然不是简单的巧合。
在第二次冲击中，南极考察队的首席科学家葛城博士在临爆炸的时候将自己的女儿装进了保护舱里，进而使得自己的女儿幸存了下来，这个女生就是后来主角所在的Nerv组织的作战部长——葛城美里。
