在《最终幻想7》的重制版作品中，游戏相较于原版增添了大量的设定补充，并提出了“命运守望者菲拉”等几个关键的剧情分歧。总的来说，SE对新三部曲大刀阔斧的重新解读主要体现在对《核心危机》、《地狱犬的挽歌》等外传作品剧情设定的统一整合，并使用现代游戏电影化的叙事技巧对各种原版设定做出更深层次的故事演绎。在原作中受限于时代背景而无法呈现的各种细节得以重焕新生，能够全面地向玩家展现这个世界发生的每一个故事。
需要说明的是，如果是没有游玩过原版或重制版第一部，直接入坑本作的新玩家，在观看剧情时对于一些经典场景的伏笔回收、或者某种角色动作的特别寓意可能无法第一时间get到，但抛开这些，在理解基本剧情和角色关系上倒也不会有什么困难，也就是说本作并没有特别高的剧情门槛。同样，本作也在游戏开始前准备了前作的回顾影片，来帮助新老玩家理解和重温重制版的故事线，不过从重制版第一部开始体验当然才是最优的选择。
《重生》的主线故事接续重制版第一部的结尾，即对应原版的从主角一行人逃离神罗在米德加的追捕开始，直到一路追寻萨菲罗斯的下落，并沿着黑袍人的线索前往忘却之都触发某个沉重悲痛的事件为止……想必在参照原作的剧情进度之后，大家都明白这里将会发生什么，甚至不乏有人直奔结局，只为亲眼见证老爱能不能打赢复活赛。不过这一回，我们则不必着急得出结论，而是需要关注重制版世界在这方面写下的新法则。
接续重制版第一部结尾处扎克斯与主角擦身而过的场景，本作的开头便为我们展现了某个未知的世界线。在这里，雪崩小队摧毁圆盘都市的撤离计划失败，而在原版故事中牺牲的扎克斯却存活下来，并在最后出手拯救了爱丽丝等人。到了第二部，也就是本作中，克劳德与萨菲罗斯的对决则证实了此前玩家对于多重世界线的猜想 ——也即“多层世界”之于星球的存在。大BOSS萨菲罗斯的最终目的，在本作中也变为了毁灭各个世界线的所有生命，迎来星球与杰诺瓦的“重聚”，成为星球最终的主人。
