9. 水平线上的阴谋
在太平洋航行的阿佛洛狄忒号。柯南小兰、小五郎，还有少年侦探团和阿笠、园子等一行人，参加了它的处女航。靠八代财团的威信建造的那艘船上，邀请了许多政界和演艺界的名人。在船上，有个可疑人影在行动。最终，发生了*人案。
10. 侦探们的镇魂歌
小五郎接到了侦探委托。委托人将ID交给了少年侦探团和小兰，他们兴高采烈地去乘坐超人气过山车，可是那个ID设置了炸弹。如果不能解决委托，将会令其爆炸。时限为截至闭园的12个小时。不断提供提示的神秘男子，将柯南称为"工藤新一"同样和叶也被当作人质。在与服部平次会合的同时，柯南全力向真相逼近。
11. 绀碧之棺
柯南一行人在太平洋小岛"神海岛"上度假。传说中沉睡着300年前真实存在的两个女海盗安娜·邦妮和玛丽·里德留下的财宝，因此吸引了很多宝物猎人。这时，在海底宫殿附近潜水的小兰等人面前，猎人之一被鲨鱼袭击身亡，但柯南推理这不是意外。
12. 战栗的乐谱
柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑案件，而正式演出当天，柯南他们所在的音乐会会场突然发生了爆炸，陷入一片火海。
13. 漆黑的追踪者
以东京为中心发生了6起连环*人案件。除目暮警部外，还有各县刑警和小五郎参加了调查会议。令柯南意想不到的是，他发现一位会议上的刑警进入了一辆跑车里。"黑衣组织"中的一人潜入了调查会议，并乘琴酒的车逃走了，危机一触即发。
14. 天空的遇难船
针对以全世界珍贵宝石为目标的怪盗基德，大富豪·铃木次郎吉发出了挑战书：有本事就来盗取世界上最大的飞艇铃木号中收藏的宝石"天空的贵妇"吧，时间限制为东京⇔大阪间的6个小时。被次郎吉招待的小五郎、小兰、柯南、少年侦探团的孩子们也乘上飞艇，就在此时，神秘组织"红色暹罗猫"袭击了飞艇。
15. 沉默的15分钟
"针对你这4年傲慢无礼的执政期，在此施下天诛的警告！"12月某天，朝仓东都知事收到一封恐吓信。第二天，刚开通的都营地铁隧道被炸毁。不过，多亏了从小五郎那里得知恐吓信的柯南，才避免了惨剧。柯南等人到建好水坝的新潟县去。迎接搬迁5周年纪念仪式的北之泽村，很多人在一起围观。柯南刚开始调查，却在雪原上发现了死因不明的遗体。
16. 第11个前锋
毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了。若不能根据犯人寄来的挑战书解读神秘暗号，便无法阻止接下来的爆炸。而正当柯南与灰原哀和少年侦探团一起、沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中的时候，得知了威胁电话的事情，为了解读暗号柯南独自一人离开了球场，却得知了无人能够阻止的恐怖事实。
17. 绝海的侦探
海上自卫队举行宝贵的宙斯盾舰航海体验。柯南、小兰、小五郎、少年侦探团一行人享受着用电子武装的高科技军舰施展的大震撼力。然而突然发现了没有左臂的遗体,着手调查的柯南，得知舰上乘上了某国的间谍"X"。这次航海中，隐藏着远超想象的足以颠覆整个日本的巨大阴谋。
18. 异次元的狙击手
以635米的高度为傲、可以俯瞰东京街景的铃木塔竣工。前往参加其开幕仪式的柯南等人，从眺望台上享受着绝美的景色。就在此时，一发子弹击碎了窗户玻璃，打穿了一个男人的胸膛。案件发生于一瞬之间，完全搞不清到底发生了什么，小兰与少年侦探团都陷入了恐慌。柯南立刻利用追踪眼镜的望远镜功能，沿着弹道发现了一个黑色的身影。
