直到最后，只剩下转校生晓美焰和小圆时，晓美焰才透露，她是从未来穿越回来，为的就是改变在魔女之夜中小圆死去的结局。
她曾经被身为魔法少女的小圆所拯救，两人成为好友，但最后小圆死去，她许愿成为魔法少女，掌握了时空的能力。她穿越了几百次，却一次都没有成功改变BAD END，而小圆也已经被几百次的时空扭曲附上了强大的因果。
最后，小圆还是选择成为魔法少女，一个人背下了所有魔法少女的因果和绝望，成为高次元的存在，但代价就是除了晓美焰之外的人，所有人都遗忘了她。这样的结局是让人难以释怀的。
《魔法少女小圆》颠覆了整个魔法少女系列动画的传统观念，最后被称为是“成人的黑暗童话”。因为这种剧情并不是给喜欢看传统魔法少女打败敌人的小朋友们看的，而事实上的确有日本的小朋友看到第三集后被吓得嚎啕大哭的事情发生。
讲到这里，不得不提一下本作的剧本统筹和编剧虚渊玄，绰号“爱的战士”老虚。讲到老虚，大家的第一反应都是，刀片，便当，致郁。因为无论是《沙耶之歌》也好，还是《鬼哭街》也好，还是《FATE/ZERO》和《魔法少女小圆》也好，虚渊玄的作品中总是充满了虐心的剧情，压抑的气氛。
