说起来，《湮灭》的故事并不复杂。
电影《湮灭》讲一个有关4个女科学家探索神秘领域最终为国捐躯的故事。女主是生物学教授莉娜，她的丈夫是特种兵叫凯恩。
三年前，小行星撞地球，“闪光”包围了福罗里达州某海滩附近的灯塔，并形成了巨大的，彩色泡沫般的保护层。
三年以来，这一区域不断扩大，政府也派遣了一队又一队探险队深入禁区“区域X”一探究竟，却都是有去无回。唯一生还的是女主角莉娜（娜塔莉·波特曼 饰）的丈夫凯恩。
回归后的凯恩已身患绝症，多重器官衰竭，面临生命危险。身为生物学家的莉娜决定和其他4位女科学家一起，进入闪晃区域，揭开丈夫患病的秘密。
在闪晃区域中，他们目睹了人类、动物、植物在“闪光”作用下基因变异的奇景，成员也因为各种原因相继死亡。
最后，莉娜只身来到了海边的灯塔，并在其中见到了来自外星的能量团。 并且得知自己的丈夫已经死了，在基地中的“凯恩”是假的，只是复制人，这时莉娜的基因也被能量团瞬间复制，一个外表、动作、思维、记忆完全同步的“复制人莉娜”产生。
结尾，闪晃区域在白磷爆炸的火焰中化为灰烬，只有“莉娜”一人孤身生还。这时的莉娜究竟是人类还是能量团创造的复制人。这也是观众们心中的终极疑惑，当然这也是导演留给观众的终极疑问。也许导演还会拍《湮灭》第二部，答案也许就会揭晓。
