尽管人们把水华问题归咎于藻类。事实上，这是一个很大的误解。藻类是大自然的“净化器”，但是要发挥它的最大功效则是必须在水里，也需要整个水中生态系统的配合。
藻类在发育的过程中需要氮元素，磷元素等，它们的存在直接减少了水中的微量元素，这就意味着起到了净化水质的作用，但它们只把水中的营养物质转移到藻类身上，而不会从水中去除这些营养物质。当藻类被鱼类吃掉的时候，它们体内的微量元素就会转化成鱼类的营养物质。当一些食肉鱼类吃掉浮游动物和植食性鱼类时，营养物质也会转移。如果渔民捕获这些吃掉水藻的鱼类，这就相当于取出的水中的某些微量元素和杂质，水就得到了真正意义的净化。
正是基于这一原则,有些部门会投放一些以水藻为食的鱼类,净化了水质取得了良好的效果。事实上，藻类已被用于净化水质多年。据报道，国内外已建立藻类氧化塘处理污水。目前，一些研究人员利用大型藻类来净化和改善水产养殖海水的水质。例如，中国科学院海洋研究所近年来培育了一种新的江蓠，它与木筏上的牡蛎混合。每公里苗绳生物量高达4230kg，相当于14.69kg/m2。其生物量含有2.5％的碳、0.25％的氮和3.396％的氧。如果每公顷生产50公斤新鲜芦笋，等于1250公斤碳，125公斤氮是固定的，同时释放3333公斤氧。这表明海藻可以净化养殖的海水。
然而，我们也应该知道，藻类对水质的净化作用是有限的。如果水体中的营养物质太多，污染就太严重，超过了生物链传递函数的极限。例如，在滇池、太湖和巢湖等污染严重的水体中，藻类和其他生物的净化功能将难以发挥作用。
水环境的监测者
地球上各水体的水质差别很大。有些营养素含量很低，称为贫营养，有些则是富营养；有些水质呈酸性，有些水质呈碱性；有些是淡水，有些是盐水。生活在这些不同水体中的藻类也不同。某些藻类只能生活在具有相应水质的水体中，这是它们长期适应的结果。因此，通过多年的实际调查和测定，国内外研究人员对生活在不同类型水体中的典型代表藻类进行了分类和排序。例如，生活在清洁水或贫营养水中的典型代表性藻类包括鱼藻门和金藻门的金藻门、硅藻的扁藻等。；中营养水体的代表物种包括星藻、狗尾草、球藻等；硅藻的底栖藻类和脆性杆藻；富营养化水体的典型代表物种包括蓝藻的微囊藻和鱼腥藻、裸藻的裸藻和绿色裸藻、硅藻、绿藻的衣藻、小球藻和新月藻、隐藻的隐藻等，此外还有耐酸指示藻，如可变裸藻和嗜酸衣藻，以及抗铬裸藻，如梭形裸藻和绿色裸藻。
只要对任何水体中的藻类，特别是优势藻类进行定量采集和分析，并与分类整理的数据进行比较，就可以初步判断水体的水质。同样的，如果相同的水体遭受到了严重的污染，水体中的藻类则会发生变化，比如种类减少数量减少，通过调查水体污染前后藻类种类和数量的变化，可以分析和评价水体的污染状况。
目前，利用藻类评价水质及其变化已成为国内外广泛采用的基本方法之一。
水华与赤潮
虽然藻类在自然界中扮演着非常重要的角色，但它们也给我们带来了很多麻烦。近年来，备受关注的太湖、巢湖和滇池水华以及中国近海地区的大规模赤潮与藻类密切相关。
水华赤潮是指一些藻类在淡水或海水中爆炸性繁殖，使水体呈现不同颜色，在水面上形成藻类漂浮物的现象。它被称为淡水中的水华和海水中的赤潮。“水华”还有“赤潮”它们的颜色各不相同比如有红色绿色褐色等，为什么这么多颜色呢，这取决于特定的水藻种类，因为不同的水藻含有不同的“光和色素”。大约有几十种藻类会形成赤潮，其中最常见的是由夜光藻等甲藻形成的红棕色赤潮。
水华赤潮作为一种水环境生态灾害，其根本原因是水体受到污染后已达到富营养化状态。如果发生水华赤潮，这时候水体中那些不耐受高营养的藻类会大幅度死亡，而且其他种类的藻类则会在这个环境下大幅度的繁殖，甚至是大爆发，这样就会导致水华赤潮，全世界大部分的水华赤潮都是这样形成的。
一旦发生水华和赤潮，则会进一步加重水体的污染，造成严重的生态系统危害：
首先是水中缺氧。水中有大量的藻类。尽管它们在白天暴露于阳光下时通过光合作用释放氧气，但它们在夜间通过呼吸消耗水中的溶解氧，特别是当微生物分解水中大量死亡的藻类和有机物时。这会让水中的氧气大量减少，会直接导致鱼虾类死亡。此外，由于藻类的大量存在，它会堵塞鱼的鳃，导致鱼的呼吸不良，严重时还会*死鱼。
其次，一些水华藻类会产生毒素，如铜绿微囊藻，它会产生微囊藻毒素，损害肝脏，对鱼类和虾等水生动物造成毒性。如果这种有毒的水被人类或者是饮用的话会严重危害健康。
此外，形成的水华赤潮的藻类则有腐烂的味道漂浮在水面上的藻类会破坏景观，会使水体失去观赏的价值，也间接的破坏了旅游的资源。
另外呢，由于水华藻类遮挡了阳光水中的某些植物会获得不到阳光这也会导致一些水生植物的死亡。
水华赤潮它还会影响自来水的水质，还会增加水厂的净化成本，间接的降低了自来水的产量，甚至是无法出水，造成严重的“水危机”
据专家预测，未来5～10年，我国水体中蓝藻水华及其毒素的污染将普遍增加。迫切需要制定和实施预防和控制计划，开发高效廉价的控制技术。
目前，解决水华问题的有效途径只有一条，那就是彻底控制污染。
