（明初紫禁城三大殿复原图）
随着明朝逐渐衰败，南京故宫已经破败不堪。
到了明朝崇祯十七年（1644年），李自成带领的农民起义攻陷北京，崇祯皇帝殉国，大明朝基本告于尾声。
而崇祯皇帝的弟弟---朱由崧之后于南京紫禁城武英殿，以次年为弘光元年，其国号依旧为“明”，史称“南明”改为“弘光”。
不过此时明故宫多数宫殿也都坍毁无存，南京太庙更是早被焚毁，虽说朱由崧进行了一些修复工作。
但次年清军入关灭南明后，将南京故宫设为八旗驻防城，同时还从太平门到通济门都建立城墙，南京故宫建筑基本遭受破坏。
之后，随着各种战乱动荡，除了地下埋藏的石构件之外，整个故宫几乎只剩下一片残垣碎瓦、蛇鼠出没的废墟。
至此，这座曾经作为“世界第一宫殿”的地面建筑也荡然无存。
