在谈及这部剧具体的拍摄感受时，一个“难”字表达了赵宝刚对这部剧的概括。为了真实还原中国最新型潜艇的内部构造，赵宝刚选择了“真实潜艇 场景搭建”结合的方式进行拍摄，斥巨资在北京房山区搭建了一艘实景潜艇，按照真实海军部队的“新型潜艇”进行还原。其他戏份则都是在真实的军用潜艇中拍摄的，由于潜艇有作战任务，所以剧组一切行动都要和部队配合，主创们也笑称，这部戏的“男主角”其实是潜艇，因为剧组的一切统筹安排都需要随着潜艇的“档期”来进行拍摄。
“百人同操一杆枪”，潜艇兵隐秘而伟大
由于潜艇内空间非常狭小，剧组三百多号人在潜艇中的调度成为了难中之难，既要保持拍摄的正常进行，又不能因为工作人员太多而损坏潜艇内的精密仪器，所以拍摄设备的摆放很有难度，很多画面的拍摄都需要精心协调取景，找到一个合适的角度来展现。由于既要给大家真实展现中国潜艇兵的作战训练和日常生活，又需要符合导演赵宝刚对画面唯美程度的要求和对艺术的一丝不苟，《深海利剑》拍摄的辛苦程度和难度就不言而喻了。
拍摄完成后，赵宝刚在机房中剪辑了6稿，把最初40集的版本剪成了34集，为的就是能让观众有一个更好的观剧体验。为了让更多观众了解到潜艇兵这一群隐秘而伟大的军人，即使拍摄中有再多的困难，《深海利剑》的全体主创都在想办法克服，主演高旻睿带病坚持拍摄，刘璐不会游泳却鼓足勇气下水。与此同时，剧中还展现了丰富的作战细节，所有新一代潜艇兵们“百人同操一杆枪”，紧密配合，展现出潜艇兵集体协作的力量，让观众了解到这一兵种的特殊性，以及他们为了保家卫国所做出的牺牲与贡献。
除此之外，剧中也讲述了潜艇兵在正式上艇之前所经历的严酷训练以及耐心细致的心理辅导。因为潜艇兵常年生活在不见阳光的密闭空间中，心理学就成为了他们每个人的必修课。
