这一次男主被送到了战场上，还没反应过来腿上就挨了一枪，子弹还没有来得及取出来，就又被科学家传送了，第三次时间终于对了，男主来到1996年，也就是瘟疫爆发的前几周。终于开始寻找真相。
原来病毒的发源地是费城，而12猴子军的领导者是一个疯疯癫癫的富二代。
有了重要发现的男主再次被科学家召回，但这次他主动要求再次穿越回去阻止病毒散播。男主再次回到1996年的费城，但他发现病毒和12猴子军并没有任何关系。
那个富二代的父亲是一位病毒学家，经常虐待动物，所以为了反对父亲，富二代创造了12猴子军，也只是为了保护动物。
他的父亲才是真正的病毒研制者，男主回到未来，把这些线索都留给了科学家，作出决定，并不打算再回到2035年，因为在1996年他认识了女主。
阴差阳错两人来到机场，才发现富二代的父亲也不是幕后主手，散播病毒的人是他父亲的助理。
正当男主拿起枪准备射*助理的时候，男主却被警察抢先一步打死。
就这样，2035年的男主，死在了1996年。
正巧当时八岁的男主也在机场，并目睹了这一切。
所以之前男主梦境中，一个陌生男人被警察反复枪*的场面，原来就是自己亲眼看到的，这件事情也是真实发生的，这个设定有点妙。
结局是开放性的，助手带着病毒上飞机，而他旁边坐着来自2035年的科学家，不知道是希望还是阴谋，这一切都留给观众自己解读。
回顾整部影片，你会发现男主所做的一切都是徒劳，对历史没有一点改变，当然，所有的穿越剧都是这样，历史不可能被更改。
影片中有一个很有意思的地方，一开始科学家严查调查病毒的起源，得到线索就是12猴子军。所以科学家认为病毒是12猴子军传播的，但你看完整部电影发现科学家得到的所有线索，都是穿越回去的男主所留下的，就连12猴子军也是男主在富二代身上受到启发而建立的想法。
所以到底是先有的鸡还是先有的蛋？
本片并没有对未来场景的宏大表述，也没有精彩的打斗，更没有轰轰烈烈的爱情。甚至连穿越时空的机器都像一个地摊货。
