共计16个，分别是军队放射生物学研究所 (AFRRI)、国防部教育局 (DoDEA)、国防先进研究计划局 (DARPA)、国防商店局(DeCA)、国防合同审计局(DCAA)、国防合同管理局(DCMA)（上图即是现任局长大卫·G·巴塞特中将）、国防财务会计局(DFAS)、国防信息系统局 (DISA)、国防法律服务局、国防后勤局 (DLA)、国防战俘/失踪人员统计局 (DPAA)、国防安全合作局 (DSCA，下图即是现任局长海蒂·H·格兰特t)、国防反间谍与安全局(DCSA)、国防技术信息中心 (DTIC)、国防威胁压制局 (DTRA)、空间发展局 (SDA)。
共计4个，由负责情报的国防部副部长直接监督。
1、国防情报局（Defense Intelligence Agency）
2、国家安全局（National Security Agency），下图即是美国赛博司令部司令官兼国家安全局局长保罗·M·根康弘上将（Paul M. Nakasone）。
3、国家地理情报局（National Geospatial-Intelligence Agency）
4、国家侦察办公室（National Reconnaissance Office）
国防部的一些国防机构是美国情报机构的成员，但也是国家级的情报机构，只不过是在美国国防部管辖下运作，同时又隶属于国家情报局局长。国防部的情报机构为国家决策者和战争规划者提供情报支持，还能协助非国防部的情报或执法部门，比如中央情报局和联邦调查局。
美军的各军种阴阳怪气有自己的情报部门，这些部门不同于国防部下属的国家情报机构，国防部在信号情报、地理空间情报、测量和签名情报等领域管理国家协调机构和资产，并建造、发射和运营情报机构的卫星资产。国防部也有自己的人类情报机构，在主营军事人类情报的同时，该机构为中央情报局的人类情报工作做出贡献。
六、参联会（Joint Chiefs of Staff）参联会 (JCS) 是由国防部高级军官组成的军事领导机构，就纯军事问题向国防部长、国土安全委员会、国家安全委员会和总统提供建议。参谋长联席会议包括参谋长联席会议主席（CJCS）、参谋长联席会议副主席（VCJCS）、主席高级士兵顾问（SEAC）、陆军、海军陆战队、海军、空军和太空军的军种首长，除了国民警卫队局长之外，所有人都要经参议院确认后由总统任命。每个军种的首长，在参谋长联席会议职责之外，直接为相关军种部的部长工作。
1986年《戈德沃特-尼科尔斯法案》（Goldwater-Nichols Act）颁布后，参谋长联席会议没有单独或集体的作战指挥权（美国的作战指挥链是从总统到国防部长，从国防部长到作战司令部指挥官）。《戈德沃特-尼科尔斯法案》设立了副主席办公室，副主席被指定为国防部长、国土安全委员会、国家安全委员会和总统的首席军事顾问。联合参谋部（JS）由所有军种的人员组成，协助主席和副主席履行职责，由联合参谋部主任（DJS，或称联合参谋长，由一名中将担任）负责。
七、军种部五角大楼共有3个军种部，主管美军5大军种。
1、陆军部，主管美国陆军事务。
2、美国海军部，主管美国海军和海军陆战队两个军种的事务。
3、美国空军部，主管美国空军和美国太空军两个军种的事务。
