意义和复兴的丧失：罗马人，基督教与伊斯兰教
尽管哈德良神社很小，但到罗马时代，卢克索神庙的宗教重要性已经大大降低。取而代之的是，罗马人将寺庙建筑群视为建造堡垒的便捷地点，原因之一是原材料的可获得性。罗马人使用圣殿中的一些砖石建造军事建筑。此外，圣殿综合体的大小可以容纳一个大型驻军，据估计，在该堡垒中驻扎了多达1500名罗马人。
尽管如此，卢克索神庙并没有真正完全失去其宗教意义。取而代之的是，将古埃及人所崇拜的Theban Triad换成新的，就更合适了。例如，在罗马时期，圣殿被重新用于皇帝的崇拜。
后来，当罗马帝国采用基督教时，在教堂周围建造了基督教教堂。实际上，这些教堂之一是在拉美西斯（Ramesses）的院子里建造的。埃及人被阿拉伯人征服后，这座特别的教堂变成了一座清真寺，至今仍在使用。这座清真寺被称为阿布·哈加格清真寺，以当地的圣人尤塞夫的名字命名。
在卢克索神庙的拉美西斯二世的庭院中可以看到阿布哈加格清真寺
优素福被认为是从大马士革来的，四十多岁时移居麦加，最后移居卢克索，在那里度过了余生。优素福在卢克索向当地居民宣讲伊斯兰教，据称该清真寺是由圣者本人建造的。优素福还因照顾前往麦加的朝圣者而享有声誉，因此获得了“阿布·哈加格”的称号，意为“朝圣者之父”。
根据当地的传说，在优素福在卢克索神庙的庭院中建造清真寺后，一位高级官员想将其拆除。尽管优素福提出抗议，但该官员决心拆除这座清真寺。一天早晨，这位官员醒了，发现他的身体瘫痪了。他认为这种突然的瘫痪是由于他决定拆除清真寺而引起的。因此，他撤回了命令。清真寺得救了，官员从瘫痪中康复了。有趣的是，每年11月上旬都要庆祝圣人的生日，其中包括他在卢克索的游船游行。这可能让人想起古代的Opet节。
即使在今天，阿布哈加格清真寺仍被用作礼拜场所。此外，卢克索神庙还进行了考古发掘。例如，在1988年，该寺庙的庭院中出土了许多第十八王朝雕像。现场还进行了保护工作。最重要的是，寺庙是一个受欢迎的旅游胜地，该市的经济从旅游业中受益匪浅。1979年，卢克索神庙被列入联合国教科文组织世界遗产名录，该组织隶属于“古尼比斯及其墓地”。
