由于它贯穿了太平洋和大西洋两个大洋，因此，这条运河在世界航运中扮演着十分重要的角色。从美国的东海岸到美国的西海岸的航运，走巴拿马运河这一航道，比绕南美洲最南端——智利的合恩角，缩短了1万多公里，因此，巴拿马运河成为了欧美列强觊觎的一块肥肉。
1501年，巴拿马沦为了西班牙的殖民地，早在遥远的殖民时代，巴拿马就因为巴拿马地峡特殊的地理位置，造就了商业的繁荣。这时候，在巴拿马地峡一带修建运河已经提上了议事日程。早在15世纪，征服墨西哥的西班牙人科尔特斯就提出过修建运河的主张，但他未指明适合开凿的地点。后来，在巴尔沃亚征服巴拿马之后，1523年，西班牙国王查理一世明确提出了开凿一条中美洲运河的主张。然而，这个中美洲运河到底在哪儿，却经历了长达两个多世纪的考察，才确定在巴拿马地峡一带。
正当西班牙政府准备在这儿开凿运河之际，拉美独立运动的爆发却让西班牙政府在这里开凿运河的计划落空。拉丁美洲独立后，巴拿马摆脱了西班牙的殖民统治，成为大哥伦比亚共和国的一部分。1830年，由于大哥伦毕业共和国的解体，巴拿马成为了哥伦比亚的一个省。尽管巴拿马脱离了西班牙的殖民统治，然而对于巴拿马运河的竞标，却没有就此停止。在这个竞标当中，美国最终胜出。但是，哥伦比亚议会拒绝这一方案，美国就干脆策动巴拿马脱离哥伦比亚独立。1903年11月18日，美国在巴拿马地峡开通运河。从此，美国在这里控制了长达百年。它从开凿之日起，就被誉为为世界七大工程奇迹之一的“世界桥梁”。
然而，巴拿马运河从开凿之日起，就掌握在了美国的手里，运河区成为了巴拿马的“国中国”。因此，为了收回运河的主权，巴拿马人民进行了长达半个世纪的不屈的斗争。1964年1月9日，一名巴拿马学生，为了维护国家主权和尊严，在运河区升起了巴拿马国旗而被美国驻军枪*。美国此举记起来巴拿马人民的义愤。1月10日，巴拿马政府与美国断绝外交关系，并宣布废除运河条约。全国许多城市举行罢工、罢市、罢课，抗议美国暴行。1月12日，十万人为英勇献身的爱国青年举行隆重葬礼。此后，1月9日，就成为了巴拿马的全国哀悼日。1973年，巴拿马为了争取签订一项有利于自己的正当的和公平的条约，将巴拿马运河相关问题提交联合国审议，但在形成决议时遭到美国的一票否决，该决议失效，巴拿马通过联合国收回主权的努力宣告失败。经过了长期的斗争，1977年9月7日，巴拿马和美国在华盛顿签订了新《巴拿马运河条约》，巴拿马开始逐渐收回运河主权。新条约于1999年12月31日期满后，巴拿马将全部承担对运河的管理和防护。最终，巴拿马成功收回了运河的主权。
