相比于泰国的流水工厂式潜水，和菲律宾几大潜水区域多样探索。马来西亚的潜水主要集中在东马，仙本那周围。特点非常像大堡礁探索，许多的潜岛都是面积较小，甚至完全没有商业化开发，水质和资源非常优质，是世界著名的潜水区域。
诗巴丹·仙本那——被环绕的潜水胜境
诗巴丹是 一个蘑菇形状的小岛，世界十大潜水胜地之一，岛上无法安排住宿，每天限制120人上岛还有军队驻守。所以来这里潜水基本都是周围的岛前往的。这里也被各种网红度假村环绕，仙本那，卡帕莱，马布岛，号称东南亚马尔代夫，各种水屋度假村预定火爆，有的甚至要提前一年预定，热门程度可见一斑。
不过最近在各种社交媒体上也出现了度假村美如画，其他地方基础设施落后到令人失望的情况。很多游客原本以为这里是世外桃源，到了才发现与自己的想象有较大落差。所以仙本那是潜水的好地方，度假村也修了很多，但是总体发展和配套设施的建设还是落后的，普通游客的体验还是稍差。 这里可以看到燕鱼、真金梭鱼和鬼金梭鱼风暴， 十几只鲨鱼列队过的景象。
芭雅岛·兰卡威——西马潜水
芭雅岛位于西马的兰卡威附近，这里的整体潜水条件没有东马好。但如果你在槟城，兰卡威游玩，同时潜水的话，这里是不错的选择。这里算是弥补了东马纯自然景观的缺憾，可以体验一下人文景观。
拉秧拉秧·（弹丸礁）——锤头鲨巡游
拉秧拉秧是马来西亚的叫法，是中国马来西亚争议的南海诸岛之一，目前在马来西亚控制之下。位于马来最热的旅游目的地沙巴北部，这里可以看到原始的珊瑚和鱼群，如果幸运的话，这里可以看到非常特别的锤头鲨。
