▲菲律宾宗教分布，绿色区域是伊斯兰教
菲律宾刚独立，便有人提出要向英国殖民当局讨回沙巴主权，尤其是苏禄苏丹的后裔坚持认为当年签的是“租借”而不是“割让”。
作为安抚南部穆斯林的条件，菲律宾政府承担了沙巴问题的交涉，但菲律宾国力弱小，各方面与英国相差悬殊，因而没有获得成功。
1948年，英国将东南亚殖民地整合为马来半岛的马来亚联合邦、新加坡，加里曼丹岛的文莱、沙捞越、沙巴等五个板块。
1957年马来亚联合邦首先独立，1962年沙捞越和沙巴原本打算单独成立一个联邦，在英国人的斡旋下，最终还是选择与马来亚合并为马来西亚。
▲马来西亚有13个州，沙巴和沙捞越都是其中之一
眼看英国势力快要退出东南亚，菲律宾政府在1962年6月22日正式提出对沙巴的主权声索，再一次遭到了英国的拒绝。
由于得不到前宗主国美国的支持，菲律宾政府只好暂时搁置这个问题。
1963年9月，在联合国的监督下，马来亚联合邦、新加坡、沙捞越、沙巴四地，通过投票组成了新的国家马来西亚。
文莱拒绝了加入马来西亚的邀请，计划未来自行独立。两年后，新加坡退出马来西亚成为独立国家。
▲曾经割让给苏禄的土地位于现在的吉达、山打根、斗湖三省
沙巴变成马来西亚的13个州之一，下辖5个省，有争议的领土位于吉达、山根达、斗湖三省境内。
马来西亚政府继承了英国殖民当局签订的条约，继续向苏禄苏丹每年支付5300英镑，作为“割让”该地的酬金。
菲律宾虽然很快承认了马来西亚的独立，但再次提出沙巴主权问题，同样遭到了拒绝。
1968年菲律宾通过对沙巴拥有主权的法案，导致两国断交，直到1969年才复交。接下来两国埋头于发展经济，沙巴问题渐渐淡出人们的视野。
▲苏禄苏丹后裔曾来中国友好交流
菲律宾南部穆斯林地区一直有分离倾向，有多支反政府武装，经常发生暴力袭击事件。一些分离势力遭到菲律宾军警打击后，便逃往沙巴州，让菲律宾政府头疼不已，同时也恶化了沙巴州的治安。
五、浮出水面
历届菲律宾政府都认为拥有沙巴主权，2008年还声称有80万菲律宾人（苏禄人后裔）生活在沙巴。
菲律宾政府先对英国、后对马来西亚的交涉，仅限于外交层面，从来没有动用过武力。
2013年2月，180名菲律宾武装人员登陆沙巴，为首是苏禄苏丹的一位后裔，声称要恢复对沙巴的主权。他们与马来西亚警方发生冲突，造成68人伤亡。
