提起爬行动物，很多人想到的是冷血、行动迟缓和低智商。在常人眼里，爬行动物几乎是低等的代名词，它与我们哺乳动物的差别就如教科书中的定义一样明晰。然而，大众对爬行纲的误解和鄙视其实是没有科学道理的，而且越来越多的专家意识到，爬行纲是个不科学的分类单位，主张予以废除。
加拉帕戈斯象龟
林奈分类法和系统分类法生物分类法为博物学家林奈首创，他根据生物的不同特征予以归类和分组，本意是为了方便鉴别。后来分类专家们创设了不同层级的分类单位，基本分类单位共有八个，从大到小依次是域—界—门—纲—目—科—属—种。在基本单位之前冠以“高”“总”“大”“上”，或者“亚”“下”“小”，用以表示更大或更小的单位。
现在，学术界的一致观点是，分类应反映出物种间的演化关系，体现出达尔文的共同祖先原则，这就是系统分类法。换言之，应该被划到同一分类单元是有共同祖先的生物，而不是外表相似的生物，只不过共同祖先较近的生物长相通常也相似。
根据系统分类法，每一个分类单元都在系统发生树上代表一个演化支。对某一给定单元，如果包含且仅包含某一共同祖先及其所有后代，就是单系群；如果包含某一共同祖先和它的部分后代，未包含其全部后代，就是并系群；但如果不包含最近的共同祖先，就是复系群。
图示单系群、并系群和复系群
很多学者认为一个自然的分类单元只能是单系群，拒绝一切并系群或复系群。近年来，随着分类方法的不断成熟，过去公认的很多分类正在被大幅度改动，爬行纲正是在这种形势下遭到了质疑。
经典爬行动物的范围众多现生和史前动物被归入爬行纲，科学家根据颞颥孔的数量和位置，将爬行纲分为几个亚纲。颞颥孔是位于颅骨侧面、眼眶后方的孔，是咀嚼肌附着的位置，也就是太阳穴。
缺弓类、双弓类和合弓类的“太阳穴”位置示意图
双孔亚纲（双弓类），颅骨每侧有上、下两个颞颥孔，包括现存所有爬行动物以及史前的恐龙、翼龙。
无孔亚纲（缺弓类），没有颞颥孔，包括最原始的爬行类——杯龙类、中龙类。龟鳖目一度被归于本亚纲，后来发现它是有颞颥孔的，只是退化了，是一种基础双弓类。
下孔亚纲（合弓类，单弓类），颅骨每侧只有一个颞颥孔，位于眶后骨下方，包括盘龙类、兽孔类等，在恐龙时代之前很繁盛，现在已经没有这样的动物了（它们去哪了呢？下文揭晓）。
