鱼龙
此外还设立过一个调孔亚纲（阔弓类），每侧只有一个加大的上颞颥孔，下颞颥孔退化，包括蛇颈龙、鱼类等史前海洋爬行动物。后来发现，该亚纲是不成立的，阔弓特征只是对海生生活的适应。
爬行动物的系统演化关系根据现代系统分类法，完美的分类单元必须是单系群。爬行纲冠群，即真爬行动物，包括现存所有爬行动物的最晚共同祖先及其全部后代。现存爬行纲都属双弓亚纲，其共同祖先出现在古生代晚期，分两大演化支：主龙下纲和鳞龙下纲。
龟鳖目、鳍龙目（蛇颈龙）和鱼龙目也是双弓类的支系，但演化位置尚无定论。这里只引用2015年最新DNA分析的结果，蛇颈龙属于泛龟类，属于主龙下纲的基础类群，而鱼龙是鳞龙下纲的基础类群。
爬行纲冠群的系统发生关系
鳞龙下纲包括有鳞目（蛇和蜥蜴）、喙头蜥目，为当代最繁盛的爬行类。中生代晚期的海洋霸主——沧龙也属于鳞龙类，沧龙实际上就是海生大蜥蜴。
主龙下纲为爬行纲演化主干，现存典型的是鳄鱼。在中生代非常繁盛，恐龙和翼龙都属于该下纲。恐龙是蜥臀目和鸟臀目（鸭嘴龙、剑龙和角龙等）的合称，蜥臀目又分蜥脚亚目（梁龙、腕龙和马门溪龙等）和兽脚亚目（异特龙、霸王龙和恐爪龙等）。尤其值得注意的是，鸟类都是小型兽脚类恐龙的直系后裔，因此也属于广义的双弓类，鸟类头上也确实有两对太阳穴。
综上，爬行纲冠群是涵盖鸟纲的。“现存爬行类 鸟类”构成一个单系群，而刨除鸟类后就只是个并系群。
霍夫曼沧龙，最大的沧龙
爬行纲总群，包括地球上出现过的具有爬行类特征的所有动物，它们的最晚共同祖先及其全部后代。这个共同祖先可追溯到最原始的羊膜动物，也就是地球上第一个会下蛋的动物。
双弓类就是冠群——真爬行类。缺弓类在恐龙时代之前（三叠纪末）就已经全部灭绝了，现在没有活着的后代，我们称之为副爬行类。
合弓类是似哺乳的爬行类，它是哺乳动物的直系祖先。哺乳动物只有一对太阳穴，上、下颞颥孔合二为一且位于下位，这是合弓类的关键特征。从合弓类到哺乳类的演化一脉相承，我们也是广义的合弓类。
爬行纲总群的系统发生关系
综上，爬行纲总群=冠群/真爬行类 副爬行类 合弓类，而真爬包含鸟类，合弓类包含哺乳类，所以，经典爬行动物和鸟类、哺乳类一起构成了一个大的单系群——就是所有的羊膜动物（哺乳动物在胚胎发育初期也是有羊膜卵的，只是在子宫里孵化了，生出胎儿而不是下蛋）。
从系统发生角度看，传统意义上的爬行纲无论冠群还是总群都是并系而非单系，因此爬行纲是个不科学、不自然的概念。这个概念最不科学之处在于错误表达了类群之间的亲疏，例如，鳄鱼现存最近的亲戚是鸟类，而非同属爬行纲的乌龟和蜥蜴。
爬行纲不存在共同特征根据教科书的说法，爬行纲的共同特征有：①体表覆盖干燥的角质鳞、甲，②体温不恒定（冷血），③心脏有三腔（心室隔膜不完全），④肺呼吸，⑤有羊膜卵（卵壳坚硬），生殖发育摆脱了水的限制。
