如何使用微生物菌肥，必须充分了解菌肥的生物特性。
微生物肥是活的肥料，含有丰富的生物活菌，即有益活菌。易受土质、地温、湿度和光照等因素影响，在施用生物有机肥时，应合理规范使用。
1、含硫高的土壤，不宜使用生物菌肥，因为硫能*死微生物菌。
2、施用菌肥的最佳温度为25℃-27℃，低于8℃，高于45℃，使用效果较差。
3、施用菌肥的时间最好选择阴天、早晨或傍晚，强烈的紫外线辐射会*死微生物菌。
4、生物菌肥中含有固氮菌，适宜土壤湿度为60%，即见干见湿最好。
生物菌肥不可与农药混用，如*菌剂、*虫剂、除草剂。
不可与含硫化肥混用，如硫酸钾。
不可与未腐熟的有机肥、草木灰等碱性肥料混用。
盛果期的苹果树，建议每亩施用微生物有机肥1000公斤，特别是初次使用，更要施足，以利于有益菌形成优势，增强有益菌的繁殖能力，保证根系生长及根系周围环境健康。
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