矮扁桃营养价值很高，果仁含有油脂及苦扁桃甙等多种微量元素，据研究营养比同重量的牛肉高六倍，扁桃仁是维吾尔人传统的健身滋补品。但由于自然环境条件的制约和历史原因，这一宝贵资源在我国未能得到很好的开发和利用。随着科学技术的飞速发展，人们逐渐认识和重视扁桃这一珍贵树种，开展了科学研究和开发利用，因而具有较高的经济开发价值。
矮扁桃和扁桃，株形优美，枝叶青翠，花色娇艳，果实繁茂，是新疆著名的观赏花木。一到春季花期，众多扁桃树争相开放，姹紫嫣红，众彩纷呈，成为人们踏青游玩的好去处。
矮扁桃由于不适应现代生境的变化，只残存在北疆特殊山地的狭窄地形气候区域，目前处于衰退阶段，面积在逐渐缩小，并且分布为不连续的岛状或星点状；再加上人为干扰和采掘砍伐，以及自然灾害（火灾）等因素，使得矮扁桃面临濒危境地。为了保护矮扁桃，如今矮扁桃被列入《国家重点保护野生植物名录（第二批）》（讨论稿），保护级别为国家Ⅱ级濒危重点保护。
如今，在矮扁桃分布地建立了自然保护区，新疆塔城地区裕民县的野巴旦杏自然保护区是世界上面积最大的野生矮扁桃分布地，每年五月是野巴旦杏花盛开的季节，矮扁桃和众多的珍稀花木争相绽放放眼望去，巴尔鲁克山上繁花似锦，风光旖旎，让人流连忘返。
