和第一次生物大灭绝一样，在泥盆纪时代，生物灭绝了近65%，不过这个时期海洋生物灭绝的比例比陆生生物灭绝的比例要高很多。这主要和泥盆纪的灭绝原因有关。
在泥盆纪时代，地球的大陆和海洋并不是如今的版图，而是如下图。
在这个时期，有一个300亿立方千米被称为“超级地幔柱”的岩浆，脱离了地核，于是，超大质量火山爆发。大量高温气体融入海水，造成海水沸腾，直接*死一批生物。不仅如此，岩浆还使海水酸化，导致环境剧烈变化，很多不适应的生物又被淘汰了一批。
岩浆喷射出的大量有毒气体也会造成酸雨，给泥盆纪时代的生物带来了大量的灾难。超级岩浆爆发带来的影响非常非常深远，直到爆发200万年后地球生命才从阴影中走出来，微生物才开始大量繁殖。
第三次大灭绝在地球42.5亿岁时，距今2.5亿年前，地球迎来第三次生物大灭绝，这一次又被称为二叠纪大灭绝，超过96%的物种都在这一次消失了，比如：著名的三叶虫。
关于这一次的生物大灭绝，科学家有很多解释，比较合理的一个解释是大陆漂移说和自然灾害说。和泥盆纪时代一样，二叠纪时代的世界大陆和海洋也不是现在的模样，但不同的是，这个时期地质活动比较活跃，各个板块之间的运动相对加速。
