按照国外绩效审计指南的规定，一份完整的绩效审计报告应包含摘要、正文和附录三部分。摘要部分是对被审计事项、审计工作情况、审计发现问题以及审计结论或建议的概括性介绍；正文部分是对被审计事项、审计工作情况、审计发现问题以及审计结论及建议的详细阐述；附录部分则包括对本次绩效审计方法的说明，以前对项目审计的有关报告、结论和建议，以及其它与审计项目有关的内容等。
在我国，目前还未就绩效审计报告规定具体格式，实际操作时是参照财务审计报告格式进行的。这里，结合英国国家审计准则的相关要求，将一份完整的公共投资项目绩效审计报告所应具备的要素概括为：报告摘要、项目概况、审计实施情况、总体评价、审计发现的情况、发现的违法违规问题及处理处罚意见、审计建议、附件等八个方面。
一、报告摘要由于绩效审计报告一般篇幅较长，该部分主要是使读者通过阅读摘要就能将报告全文的主要内容进行了解。需要注意的是，报告摘要不是报告主要内容的简单重复，在撰写报告摘要时既要简洁的表达与主体报告一致的主要信息，又要避免对琐碎的细节作过多的描述，要用通俗易懂的语言揭示主要信息，从而有效地介绍和支持主要结论及审计建议。如果绩效审计报告主体内容就比较简练，也可不编写内容摘要。
二、项目概况包括项目的基本情况；项目决策、立项、建设、经营和管理等项目建设全过程的信息；项目资金来源和使用情况；项目设计、建设、施工、监理等相关单位情况；项目目前的状况等。总之，该部分的叙述以使读者能从整体和一般概念上的不同角度对项目有一个较为全面了解为宜。
三、审计实施情况为使审计报告的读者了解审计的目的、判断审计报告内容的价值，应在审计报告中说明审计的目标、审计的范围和为达到目标所使用的审计方法。主要包括以下六个方面的内容：
（1）审计的依据。即本次审计是“由谁按照什么”授权进行的；
（2）审计的目标、范围、审计起止时间等。即“审计组在什么时间、对什么事项进行了怎样的审计”；
（3）采用的审计评价标准；
（4）采用的具体审计方法；
（5）遵循审计准则的情况；
（6）明确区分被审计单位的会计责任和审计组的审计责任。实务中，一般通过“审计进点时，××单位对其提供的会计资料、其他相关资料的真实性和完整性做出了书面承诺”这样的叙述来区分会计责任和审计责任。
需要说明的是，如果出现了偏离必要的原则和程序的例外事项，该部分应指明未能遵循的原则和程序，以及不遵循的理由；同时要对审计范围和目标受到限制的情况进行说明。如在对某公共投资项目进行绩效审计时，由于某种客观的原因，审计人员无法对该项目的管理系统进行测试，或无法实施必要的审计程序，就必须在该部分进行说明。
四、总体评价这部分是针对审计目标，以审计发现的情况为基础，依据评价标准，总括地发表审计意见或得出审计结论。编写审计报告时，审计人员的结论应当是，根据判断准则判断不承认或不遵守判断准则而造成结果不理想或无效经营的情况。审计人员应从判断准则、原因和结果三方面建议阐述。根据适用于被审活动或规划的适当标准阐述判断准则，从审计进行时实际发生的事件，应该出现的情况以及不执行适当标准所造成的严重后果等方面阐明。审计的总体评价应该具体而不应读者去猜想。
五、审计发现的情况这部分是所取得审计证据的汇总结果。审计发现情况应对通过访谈、观察、询问等方式发现的问题进行客观的描述。通常针对每项具体目标，逐项说明审计发现的支持审计结论的事实和作出的分析；一般来说，这种说明应该包括三个方面的要素：审计发现情况的事实；导致上述结果的原因；产生的影响。
应该说明的是，这部分不说明发现的违反法律法规的具体事实，只是针对具体审计目标，说明得出总体评价的依据。
六、发现的违法违规问题及处理处罚意见这部分是对审计过程中发现的具体违法违规问题及处理处罚意见的逐项列示。包括审计过程中查出的被审计单位违反国家法律、法规规定的财政收支、财务收支行为事实，定性、处理处罚决定以及法律、法规、规章依据，有关移送处理的决定等。
七、审计建议财务审计报告只需表示审计意见，审计建议不是必须内容，而绩效审计报告的价值在于建设性，这也是二者的区别所在。因此，绩效审计报告中提出的建议，使绩效审计项目的核心内容之一。审计建议是针对发现问题和审计结论提出应采取的措施。在判明原因的基础上提出建议，相对较为容易。
在具体建议时，审计人员需要主要以下方面问题：
（1）审计建议应根据发现的主要问题提出，在内容上与报告中的其他内容相呼应；
（2）建议不应该太多，应该有针对性、可操作，便于建议落实和后续跟踪检查；
（3）审计建议一般采用“应当”式的语句，即“应当做什么”，而不是“如何去做”，以规避审计风险。
八、附件该部分可用于列示审计的项目情况，主要包括：对审计的实施过程的详细说明，详细数据，审计项目其它某些在正文中不便叙述的情况，相关评价标准的详细介绍，报告所用到的相关专业词汇表及解释等。该部分还可对本次审计未能解决需要在今后审计中逐步解决的事项提出建议。总之，报告正文不便阐述但对理解报告有所帮助的事项都可在此说明。
