哭庙案又称揭帖案，发生在顺治十八年（1662）正月。
那时吴县令任维初莅任才两月，即横征暴敛，贪污舞弊，民怨载道。
生员薛尔张等鸣钟击鼓，进文庙哭泣，诸生不期而至的计有百余人。
适值世祖皇帝驾崩，哀诏颁到，各省巡抚按例率地方官绅设幕府堂哭临，并禁止结婚及一切娱乐活动。
诸生都毫不顾及，竟造府堂进揭帖请愿，请求减轻税赋。
闻风响应陆续而至的老百姓，竟达千余人之多，掌声齐动，声声逐斥县令。
抚臣大惧，下令捉人，诸生倪用宾等十一人当场被逮，余者看到情形不对，一哄而散。
据说尚有一段插曲。圣叹曾在某日遇到一位著名的相士，对他警告："百天之内，会有飞来横祸，绝对不能外出！"
他对那位相士十分敬仰，自然非常相信，便躲在家中，足不出户。
直到第九十八天，实在闷不过了，立在门口闲眺，瞥见三学弟子员成群结队而过，他好奇地询问："发生了什么事吗？"
大家告诉他道："昨天倪用宾等请愿被捕，今天又发生主司出卖孝廉，可说斯文扫地，我们预备把学宫中的孔老夫子搬出，把财神菩萨供入大成殿，以示讽谏，君如有兴，何不一同前往？"
圣叹原是至情至性的人，早对满清官吏的腐败看不入眼，知道此事，更觉难以容忍，当时已把相士的吩咐撇置脑后，不假思索地随着他们同凑热闹。
到了文庙，大家付诸行动外，又痛哭一场，作为抗议。
消息传到官府，立派数十名衙役，去明伦堂拘拿。这批士子原是乌合之众，眼见事态严重，跳墙的跳墙，开溜的开溜，像昨天一般一哄而散。
圣叹那时正在厕所出恭，公差在厕所门外守候了很久，他还向他们打趣："这就叫恭（公）人。"
他被拘捕衙中，再三审讯。圣叹见义勇为，大有“我不入地狱，谁入地狱？”之概，自承是这件事的魁首，不牵连其他一人，因此很多士子们得能避免一场大祸。
在此之前，朝廷曾有命令禁止文人妄立社名、纠众盟会，所有投刺往来，亦不准用 x 社 x 盟的字样，违者必治罪。
巡抚朱国治素性刻忌，早对这帮人看不入眼，碍于无法定罪。诸生此番举动，刚好给他机会，定欲*之而后快，遂以："......当哀诏初临日......该生等擅敢于哭临之际，声言扛打，似此目无法纪，深恐摇动人心......罪不可追......"等语，密疏具奏。
不久，朝廷派钦差大臣，赴江宁公审。官官相护下，圣叹除被视属同党之外，且被判为私移圣像不敬之罪。曾上两次夹棍，又被打三十杖，他口呼"先帝"，会审的大臣怒道："皇上刚即位，你口称先帝，你要诅咒皇上吗？"
又命掌他二十耳光。狱中，他曾上书千余言，指斥种种非法滥刑，但这些俱未获上达。派来的钦差大臣奏覆朝廷："倪用宾等，于遗诏方到，鸣钟击鼓，纠党千人，倡乱讦告，拟不分首从斩决，妻子财产入官。"
朝廷照准，于是倪宾、金人瑞等十八人被判死刑；所有财产没收，妻子流徙宁古塔。
哭庙案中被牵连的军流、禁锢的人无法计算，执政者趁此机会把这批清议之士，一网打尽。
从容就义当哭庙案发生后，圣叹在狱中犹是不改风趣，曾向同人说："你们知道花生米和豆腐干同吃是什么滋味？"
众人一时瞠目，他乃告诉大家说："有火肉（腿）滋味！"
狱卒白某，非常同情这辈读书人，常常暗加照顾。
七月初，白某奉命调差，对众人说："各位相公都是善良的人，但都爷作对，判罪甚重，已经不可挽救，看来只有一个希望，那就是大赦。现在我要离开你们了，以后相见的机会甚难，各位如有家信，趁我还在这儿，我会代为转达。"
圣叹在写给他的妻子信中说："*头，至痛也；籍没，至惨也，而圣叹以无意得之，不亦异乎？若朝廷有赦令，或可相见，不然，死矣！"
又口占七绝一首：
天公丧母地丁忧，万里江山尽白头；
明日太阳来作吊，家家檐下泪珠流。
临刑，圣叹饮酒自若，边饮边道：
"割头，痛事也；饮酒，快事也，割头而先饮酒，痛快！痛快！"
又吟绝命诗一首：
法鼓咚咚急，西方日已斜；
黄泉无旅店，今夜宿谁家？
