郑成功有感于厦门弹丸之地无法自保，于是重新将目光投降了台湾岛。早在1657年，郑成功和台湾的旧将何廷斌取得了联系。何廷斌原为郑芝龙部下，因为不愿意接受朝廷招呼而留在台湾，后来担任荷兰的翻译官。他将台湾的情况告诉给了郑成功，并希望郑成功能够收复台湾。1659年，何廷斌又将荷兰在台湾的军事部署地图交给了郑成功。
1661年，李定国战败，大西军瓦解，大陆已经难有立身之地，于是郑成功制定收复台湾的计划，准备在台湾“广通外国，训练士卒，进则可战而复中原之地，退则可守而无内顾之忧”。
但是，渡海作战在任何时代都不是一个简单的问题，除了解决粮食短缺、军队规模小的问题外，还要面对台海复杂的天气。台湾海峡的季风和洋流呈西南—东北流向，流速很快，横渡台海难度很大，基本上要经过澎湖才比较安全。而澎湖到台湾岛之间的海底地形非常复杂，但是这里的洋流、气流复杂多变，非常容易发生翻船事故。
1661年二月，准备工作基本完成，郑成功做出部署：将大部分兵力留在铜山、厦门等地防御清军偷袭，另外派遣精锐的水师组成东征舰队，准备登陆台湾。东征舰队分为两个梯队：第一梯队有120艘战舰、2.5万人，由郑成功亲自带领；第二梯队有战舰20艘，部队6000人，由黄安指挥。
当时的荷兰是世界殖民霸主，号称“海上马车夫”。荷兰在台南修建了两座城堡，分别是热兰遮城（台湾城），一座是普罗文蒂亚城（赤嵌城）。1660年，荷兰增加了600名士兵到台湾，使得台湾的荷兰总兵力达到了2800人。其中，台湾城1000多名，赤嵌城400名。“评议会”还决定驻台湾的士兵延长服役一年。
荷兰驻台长官揆一加强各城堡的防御，准备了充足的物资，能够保证台湾城的物资可以用8个月以上。荷兰派遣大批的间谍、传教士到东南沿海收集情报。荷兰还严加控制台湾的中国人，禁止中国人进入赤嵌城，中断和大陆的贸易，并禁止中国人出海打渔。1660年，荷兰取消了进攻澳门的计划，全力对付郑成功。
三，强渡海峡，收复台湾1661年三月初十，郑成功的军队正式从金门出发。二十四日，舰队到达了澎湖列岛，郑成功认为此地非常重要，于是留下四位将领镇守，自己带领主力部队继续东征。二十七日，海上突然刮起暴风，舰队返回澎湖。当时大风连日不止，大军粮草所剩不多。按照何廷斌的路线，大军必须要在每月上旬利用大潮到达鹿耳门，不然就要再等一个月。时间紧迫，郑成功当机立断，决定强渡。
三十日晚上，郑成功留下3000人驻守澎湖，自己带领舰队冒着暴风雨横渡海峡。四月初一早晨，舰队到了鹿耳门港外。荷兰守军驻扎的台湾城和赤嵌城都位于今台南，两城之间有一个内港，为台江港。从外港进入台江，有南北两大航道。南航道口宽水深，船易驶入，但是荷兰再此有重炮防御，难以通过；北航道水浅道窄，只能通行小舟，大船必须在涨潮时才能通过。荷兰人认为此地为天险，就没有设防。
