淳化元年，赵普上疏辞官，太宗不许。经赵普再三恳请，太宗才让他到西京任职，仍任太保兼中书令。原来，太宗起用赵普是为了吕蒙正，赵普也渐渐觉察出上面的意思，就不想久任。又因为太宗听信赵普的建议，派李继捧去夏州招抚弟弟李继迁，他反而与弟弟李继迁同谋，成为边患，当时有很多人指责赵普放虎归山。赵普心里非常内疚，就称病辞官。太宗让他留守西京，赵普又再三推辞。太宗就赐下手谕说:“开国元勋只剩下你一个人了，其他人不能担此重任，你就不要再三推托了。况且起程的日子也到了，朕自当为卿送行。”赵普手捧圣谕痛哭流涕，立即入朝辞行。赵普起程的时候，太宗亲自到他府上，与他握手道别。淳化二年春，赵普又以年老多病为由，奉表上京，希望能告老还乡，以享天年。太宗派人前去抚慰，任赵普为太师，封为魏国公，还说等他病体康复之后，再来相见。赵普感激涕零，便准备励精图治，报效皇恩。无奈身体还可以支撑，冤孽偏偏前来纠缠。赵普每晚都会做噩梦，常常喊叫太后娘娘或是秦王殿下，有时愤愤不平，有时哀哀乞怜。左右将他叫醒，他就讳莫如深，不肯说个明白。等到朦胧睡去，又是呓语不断。赵普的精神一天天地恍惚起来，吃的也少了，以致最后卧病不起。每天只要一闭上眼睛，就看见秦王赵廷美在身旁坐着，向他索命。他无计可施，只得天天祈祷，可惜祷告无效，病情越来越重，只好解下平日里佩戴的双鱼犀带，派亲信去帮他占卜。
道士焚香烧纸，为他请来笔仙，只见那毡笔写道:“赵普是开国元勋，无奈冤孽太深，不能躲避。”道士又问:“冤孽是谁?”毡笔又画了一个大牌子，牌子上零乱地写着一些字，大多不能识别，只是牌末有一个“火”字。道士不能解释，就转告来人，让他回去告诉赵普。赵普听了，叹息说:“肯定是秦王赵廷美。但他与卢多逊勾结，事情败露才招此横祸，要怪也怪他咎由自取，关我什么事呢?”说完，声泪俱下，当晚便与世长辞了，享年七十一岁。讣告送到朝廷，太宗很是悲痛，对身边的大臣们说:“赵普一心辅佐先帝，与朕也是故交，自从朕继位以后，他一直为朕效忠，也算得上是一个社稷功臣。现在忽然听说他辞世，朕真是痛心!”于是，太宗罢朝五日，以表哀痛，追封赵普为真定王，赐谥号忠献。太宗还亲自撰写了墓志铭。
