由于禽类的特殊生理结构，鸡大肠杆菌病由肠道感染的较少，大部分情况下是由于呼吸道感染，在气囊内形成病变，不久侵害到各个脏器。因此鸡大肠杆菌病与呼吸道病又称为“姊妹病”，主要有两种方式：
1、呼吸道粘膜受损，清异能力下降。
当鸡群发生呼吸道疾病，如支原体、新城疫、传染性支气管炎、传染性喉气管炎、传染性鼻炎等疾病时；或舍内通风不良，氨气、硫化氢等有害气体蓄积；这些因素均会造成呼吸道粘膜受到损伤，粘膜表面的生理性排异物技能下降，助长大肠杆菌在气管、肺及气囊中定居繁殖。
2、舍内通风不良，环境卫生差，经常不消毒，舍内有大量粉尘。
大肠杆菌对干燥的抵抗力很强，附着在粪便、土壤、鸡舍内尘埃、孵化器绒毛上的病原可长期存活，鸡群通过呼吸吸入大量含有病原的尘埃，引发鸡大肠杆菌病。
1.2 经消化道感染 饮水、饲料被大肠杆菌污染，鸡群采食大量被大肠杆菌污染的饮水或饲料而感染鸡大肠杆菌病，尤以水源被污染引起发病最为常见。
1.3 继发性感染本病常易成为其他疾病的并发病或继发病。例如，鸡群中如果存在有慢性呼吸道病、新城疫、传染性支气管炎、传染性法氏囊病、葡萄球菌病、黑头病（盲肠肝炎）或球虫病时，常并发或继发大肠杆菌病，其中又以慢性呼吸道病并发或继发本病最为常见。
1.4 应激因素 当气候突变、转群、断喙、饲料突然改变等应激因素发生时，机体抵抗力下降，肠道内菌丛失去平衡，致病性大肠杆菌大量繁殖，造成鸡大肠杆菌病发生。
1.5 经蛋传播患有鸡大肠杆菌病性输卵管炎的母鸡，在蛋的形成过程中大肠杆菌进入蛋内；或种蛋产出后为粪便等脏物污染，蛋壳表面的大肠杆菌进入蛋内；这两种情况均造成经蛋垂直传播的鸡大肠杆菌病。
