所有的宝可梦都是从宝可梦的蛋里孵出来的。在游戏中，所有的宝可梦的蛋都是一样的（除了玛纳霏的蛋），而动画版中的蛋壳上通常会有某只宝可梦特有的花纹，可以根据这些花纹猜出里面的宝可梦种类。
两只在同一蛋群的异性宝可梦在一起就可以生蛋，蛋中的宝可梦通常是母方的最低形态。不过没有任何人看到过宝可梦的蛋被生下来的那个瞬间，它就是凭空出现的，因此一般都表述为“发现宝可梦的蛋了”。一般幼年宝可梦是无法生蛋的，但是它们的进化形就可以。另外传说的宝可梦也是不能生蛋的。
在游戏中，尽管尚未孵化，蛋也可以放在精灵球中。
游戏中
主页面：宝可梦培育
除了在抚养家寄存宝可梦获得宝可梦的蛋，一般在游戏中都可以通过剧情获得某些宝可梦的蛋。生蛋会有遗传的现象发生，获得蛋的同时，根据版本不同，所将要孵出来的宝可梦的大部分能力、特性、性格等等就都决定了。
尽管已经引进了时间的概念，但是宝可梦的蛋的孵化并不根据时间决定，而是根据蛋在队伍中时，玩家所走过的步数。每走过256步，孵化周期就会减少一次，根据剩余孵化周期的不同，在状态卡中显示的蛋的状态也会发生变化。
第二世代
从第二世代开始引入孵化机能直到现在，这个系统基本上没怎么变过。玩家得到的第一个蛋就是宝可梦爷爷交给玩家的神奇蛋，在玩家把它交给空木博士之后，他会让他的助手在桔梗市把蛋交给玩家，说让蛋与同行的宝可梦在一起会有助于孵化。这个蛋会孵出波克比。
在抵达３４号道路的培育屋之后，玩家就可以寄存两只相同蛋群的宝可梦，经过一段时间之后就可以获得蛋。
第二世代中，所有孵出的宝可梦都是5级，并且具有了那个等级可以学会的招式，以及父方学会的招式学习器招式和蛋招式。在取得蛋的瞬间，这只宝可梦的性别和个体值就决定了，而异色在第二世代中是通过个体值判断的，因此这只宝可梦是否为异色宝可梦也就确定了。
这是唯一一个蛋的状态卡与普通宝可梦状态卡不同的世代，在那之后，蛋的状态卡与普通宝可梦的相同。
获得蛋
除了玩家自己的宝可梦生的蛋，游戏中可以获得以下宝可梦的蛋：
波克比：宝可梦爷爷赠送，在桔梗市获得。
奇怪的蛋：３４号道路的培育屋赠送，可以孵出会迷昏拳的皮丘、皮宝宝、宝宝丁、无畏小子、迷唇娃、电击怪或者鸭嘴宝宝。在国际版中，它有14%的几率是异色的，在日文版中，要从宝可梦交流中心用宝可梦的蛋兑换券交换，有50%的几率是异色的。C
第三世代
第三世代的孵化设定与第二世代相似，只增加了一点，携带特定薰香的特定宝可梦会孵出幼年宝可梦，比如玛力露或果然翁携带特定薰香之后，就会生出露力丽或小果然的蛋。第三世代中蛋群数量没有变化，也没有宝可梦所在的蛋群发生变化。而在取得宝可梦的蛋的瞬间，其性别、性格、特性和个体值全部都确定了。
在《绿宝石》中，追加了母方携带不变之石就可以影响性格遗传的设定，另外有熔岩铠甲或者火焰之躯特性的宝可梦在队伍中的话，蛋的孵化速度会变快。另外在发现蛋的瞬间（与是否取走蛋无关），宝可梦的性别、性格和特性就确定了，而在取走蛋的瞬间，才会决定其个体值。
因此种部分决定的方式而出现了甄选宝可梦的特殊方式。
获得蛋
除了玩家自己的宝可梦生的蛋，游戏中可以获得以下宝可梦的蛋：
小果然：釜炎镇的老夫妇赠送。
波克比：水之迷宫的老人赠送。
第四世代
第四世代的孵化机制与绿宝石基本相同，增加了更多的幼年宝可梦，另外双亲只要有一方携带不变之石就可以影响性格的遗传。与绿宝石相同，在发现蛋的瞬间，宝可梦的性别、性格和特性就确定了，而在取走蛋的瞬间，才会决定其个体值。另外从本世代起，孵化周期从256步减少为255步，刚孵出的宝可梦都是1级的。
训练家可以用宝可表检查自己寄存的宝可梦是否生出了蛋。
获得蛋
阿尔宙斯创造的蛋，可以孵出帝牙卢卡、帕路奇亚或者骑拉帝纳
除了玩家自己的宝可梦生的蛋，游戏中可以获得以下宝可梦的蛋：
小福蛋：缘之市的登山男赠送。
利欧路：亚玄在钢铁岛赠送。
波克比：竹兰在百代市赠送。
玛纳霏：从宝可梦巡护员、巴特那吉、光的轨迹传送。
波克比：宝可梦爷爷赠送，起初是重要物品，之后在桔梗市重新获得。
咩利羊：输入正确密语后，阿创赠送。
乌波：输入正确密语后，阿创赠送。
熔岩虫：输入正确密语后，阿创赠送。
骑拉帝纳:队伍中只有阿尔宙斯（电影配信获得）时，在神都遗迹、三幻舞台选择上方的图案
帝牙卢卡:队伍中只有阿尔宙斯（电影配信获得）时，在神都遗迹、三幻舞台选择左下方的图案
帕路奇亚:队伍中只有阿尔宙斯（电影配信获得）时，在神都遗迹、三幻舞台选择右下方的图案
第五世代
在《心金／魂银》的基础上，第五世代加入了母方拥有隐藏特性时遗传的可能，除非父方是百变怪。本世代和第三世代之前一样，在取走蛋的瞬间，其性别、特性、性格、个体值全部确定了。
获得蛋
除了玩家自己的宝可梦生的蛋，游戏中可以获得以下宝可梦的蛋：
燃烧虫：在１８号道路上宝可梦巡护员赠送。
小福蛋：在七宝市和３号道路之间的闸门中宝可梦巡护员赠送
第六世代
获得蛋
除了玩家自己的宝可梦生的蛋，游戏中可以获得以下宝可梦的蛋：
小果然：釜炎镇的老夫妇赠送。
波克比：釜炎镇的老夫妇赠送。
