该站主体设计为南十字星造型，设计理念源自中国航海家郑和下西洋使用的南十字星导航，建筑主体美观大方，下层大部分采用立柱结构，是通透的，房屋都是第二层，这样的设计可以抵御极地的强风。
之所以命名为“秦岭站”。国家海洋局极地考察办公室副主任龙威介绍称主要有两方面的考虑：一是秦岭是横贯我国著名山脉，地理上的南北分界线，知名度高，而且该站所处区域也有横贯南极山脉，可作为南极洲东西地理分界线。再就是秦岭是我国生物物种宝库，与该站绿色、环保、节能的设计理念相契合。
秦岭站的科技含量很高，采用了基于卫星通信系统的数据管理和远程同步，设置自动检测、应急处置等智慧运维系统，以及智能通信、数据采集等专用网络系统。其设计立足于南极考察的大尺度规划，综合考虑后勤运转、科学观测、国际合作和环境保护等要素，能够形成以考察站为中心的多圈层全域考察模式，考察范围可覆盖300-500公里的范围。
