当前生物菌肥的应用成为一个较为热门的话题，国内相当一部分将微生物菌肥的功效提升到一个很高的程度，并且少数种类应用成效显著，但是有关微生物菌肥的功效机理、应用技术、应用效果、应用环境、生物安全等方面则仍旧存在较大争议。
近些年含有微生物的肥料宣传较多，只要鼓吹有机肥，就说有菌种，但更多的是不知道加了什么菌。并说明功能强大，解决一切土壤问题，无所不能。
最近看的资料，木霉菌和枯草芽孢杆菌对健康植保的影响，国外有木霉菌的多，而中国菌肥多为枯草类菌，为什么，带着疑问，本群就微生物制剂以及含微生物肥料展开了广泛讨论，现就讨论的一些内容整理如下：
一、目前本区生产中应用的微生物种类
根据目前本区域的应用的微生物制剂以及含微生物肥料的微生物菌的介绍，按照应用功能分类大概分为防病、防虫和土壤改良三类。
常见的生防微生物制剂多为芽孢杆菌、木霉菌、白僵菌、绿僵菌、病毒类等。在登记的农药微生物种类中剂型以粉剂为主，少数为液剂，微生物的含量较高。登记的微生物肥料中，微生物含量较低。
农业生产中，菌肥大多以枯草芽孢杆菌为主。
预防和防治对象：枯草类主要为预防和控制土传性病害，如枯黄萎病、立枯病；白僵菌和绿僵菌防治蝗虫、玉米螟等；淡紫拟青霉防治地下害虫等。
二、关于目前生产中一些正在应用的微生物制剂或者含微生物肥料及效果表现
从目前的试验和应用情况来看，枯草芽孢杆菌推广应重视立枯病的防效问题，因为立枯病在多种作物上易发生，而枯草对黄萎病防效不稳定，而对立枯病防效较稳定。
微生物肥料在生产中的应用表现并没有宣传中的那样神奇的效果。
三、微生物制剂的作用机理
微生物制剂在预防农业病虫害的作用机理主要有：微生物竞争作用；微生物拮抗作用；诱导作物抗病性；微生物解磷、解钾、固氮作用；产生激素类物质，促进作物健康生长等。
四、目前应用中存在疑问和建议
1.枯草芽孢杆菌在新疆最大的问题是：各地土壤环境差异巨大，试验防效不稳定，主要原因是枯草芽孢杆菌施用要与土壤环境和耕作条件相匹配。
2.菌剂菌肥作为外来菌的环境适生性仍需要进一步确认。菌种成活问题，与土壤有机质，盐分，pH值，水分，土壤透气性，土壤微生物，土壤温度均有关系。目前更多的菌肥应用，还有待试验才能推广，在设施作物可能会更有市场。
3.施用有机菌肥，要精准，不能浪费，注意土壤湿度，土壤过于干燥菌肥中的微生物也不一定能活得很好。菌和我们作物一样，生长需要各种良好的环境，施用有机菌肥要从环境，目标病害，作物这三者考虑。
4. 菌肥存在长期施用问题。真菌要考虑菌在土壤中繁殖问题，与环境适应性问题。
5.生防菌兼容性问题。菌剂的投入不是越多越好，而是有选择性的投入。首先是生长生存繁殖，其次是定殖，三是活性，产生的酶要有活性，代谢拮抗物质能够产生。黄萎病生防菌，研究的主要棉花茎杆里内生菌拮抗问题，以及根系附近的腐生菌问题。
6.适用范围
部分人认为，生防菌首先应在设施作物上，花卉上，以及小家花卉上。
综合以上整理的主要讨论内容，笔者认为，关于生物菌的应用，我们要正确对待，需做好以下事项：
一是我们需要更多的耐心去检验其实际应用效果。因为农业生产年度特异性，微生物制剂的特别是预防土壤类病害的制剂的使用效果需要多年的检验才能正确体现。
二是针对土壤病害的或者促进作物健康发展角度，需要验证其定殖、生存的可行性，以期判定其年度累计投入量。
三是菌肥必须适宜本地区土壤，要测试相容性，不能有机菌肥拿来就用，要测试，还有有机质含量问题，有机菌肥不能乱用，否则浪费成本，起不到有益作用。
四是微生物制剂的应用，在病害的预防中，特别是我们关注的土传性病害如黄萎病、枯萎病、立枯病等的应用，我们的应用手段和技术仍需要进一步研究。从综合角度考虑，滴灌的方式对于菌肥应用具有较高的效果。
生防菌防治技术前景很广阔，但道路路很曲折。
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