在这件事过去之后3个月不到，菲律宾和美国联合起来，在黄岩岛附近举行了飞机和战舰的实战演习，这也就意味着，事情越来越大了。
菲律宾的小技俩还有不少，比如在1999年11月3日，菲律宾坦克登陆舰“507号”则以“机舱进水”为理由，在黄岩岛入口西北侧搁浅了。
这几乎能一眼看出，他们就是希望有这种方式来达到实际占领目的。
中方也很快进行了多次交涉，可对方就是赖着不走。
这年11月，东盟国家与中日韩三国*的一次会晤将要在马尼拉举行，而菲律宾非法占领黄岩岛的事件，也成为了影响中方访菲的一个极为敏感的事件。
中国外交部也向菲律宾方面加大了外交层面的压力，要求他们承诺立即拖走所谓搁浅坐滩的军舰。
11月29日，在总理结束了对菲律宾的访问后，菲律宾也只好拖走了“坐滩”了接近一个月的菲律宾军舰。
不过，这种方式没有让菲律宾得逞，他们也在采取着其他的方式。
有四艘海南渔船相继在黄岩岛海域附近遭到了菲律宾海军的拦截，51名渔民遭受着“非法入境”的指控，还被菲律宾当局扣押了接近半年的时间。
此后的日子里，矛盾就没有中断过。
2009年，菲律宾总统阿罗约不顾中国的反对，签署了“领海基线法”，将中国的南沙部分岛礁和黄岩岛划入了菲律宾的领土，中国驻菲大使馆很快作出了回应，强烈谴责菲律宾方面。
到了2012年，双方的矛盾和冲突进入了一个全新的高度。
4月，菲律宾的海军强行闯入了黄岩岛，以“维护主权”的名义对停靠在这里的渔船进行袭扰，并企图派遣携带武器的部队去抓中国渔民。
中国的两艘渔政船在事发后火速赶赴现场，菲律宾的阴谋这才没有得逞。
在这个月的中下旬，菲律宾海岸警卫队“埃德萨号”抵达了黄岩岛水域，替换了此前在这里对峙的“巴拉望号”，到了这个时候，菲律宾方面停靠在这里的船只还有20多艘。
在菲律宾的一再挑衅下，黄岩岛的问题也渐渐有了升级的态势。
2013年，菲律宾提起了案件，不过中国则是不承认也不参加的态度，因为此案的本身本就存在着一系列不合法的行为，就连太平岛，都能被定义为礁。
在2016年之后，菲律宾就渐渐老实起来了，他们现在也不愿意直接和中国为敌，不过，这背后，也足以看出黄岩岛的重要地位。
中国南海研究院院长吴士存分析说：
“在2020年，是南海形势的一个重要转折点，现在的矛头，在于美国的一系列举措破坏南海和平稳定，美国会以在西太平洋的优势，对中国展开竞争和博弈。”
