利用会计方法核算物流成本主要通过凭证、账户、报表的完整体系。对物流耗费予以联系、系统、全面记录。采用这种方法核算物流成本，提供的成本信息比较系统全面、联系、准确和真实。
1、双轨制:它也被称为独立的物流成本核算体系，要求把物流成本核算与财务会计核算截然分开，单独建立起物流成本的凭证、账户和报表体系。在单独核算的方式下，物流成本的内容中传统成本核算和物流成本核算中得到双重反应。具体做法是，对于每项物流业务，均由车间成员或基层核算员根据原始凭证编制物流成本记账凭证一式两份，一份连同原始凭证转交财务科，据以登记财务会计账户，一份留基层核算员，据以登记物流成本账户。
该方法的优点：提供的成本比较系统、全面、连续、准确、真实；可以向不同的信息使用者提供他们所需的信息，对现行成本核算的干扰不大。缺点：工作量大，容易引起核算员的不足；物流成本核算的准确性可能因为基层核算员财务知识的缺乏而受到影响。
2、单轨制：它也称为结合财务会计体系的物流成本核算体系，需要把物流成本核算与财务会计、成本核算结合起来进行，即中产品成本核算的基层上增设一个“物流成本”科目，并按物流领域、物流功能分别设置二级、三级明细账，按费用形态设置专栏。当费用发生时，借记“物流成本”及有关明细账，月末按照会计制度规定，根据各项费用的性质再原来分配到有关的成本科目去。
- 在会计处理上，采用这种方法时，当各项费用发生时，与物流成本无关的部分直接记入相关的成本费用账户，而与物流成本相关的部分计入相应的物流成本账户。
- 会计期末，再将各个物流成本账户归集的物流成本余额按照一定的标准分摊到相应的物流成本中，保证成本费用账户余额的完整性和真实性，
这种的优点：所提供的成本信息较全面、系统、联系；在一套账提供不同类型的信息，可以减少一定量的工作量。缺点需要对现有的产品成本计算体系进行较大的甚至是彻底的调整；需要划分现实实物物流成本、观念物流成本的界限等；责任成本、质量成本等管理成本都要与产品相结合，核算难度大。
3、辅助账户制
- 在不影响当前财务会计核算流程的前提下，通过在相应的成本费用账户下设置二级账户，进行独立的物流成本二级核算统计。
- 通过二级账户或辅助账户的应用，可以有效地核算和归集货主企业的物流成本，并在此基础上实施有效的管理和控制。
这种优点：即不想双轨制核算工作量那么大，也不像单轨制对原有会计核算体系进行重大调整。缺点：若辅助账号设置不当或登记方法不科学，也会增加工作量。
- 现行会计核算制度与物流成本：会计现有的会计核算制度是按照劳动力和产品来分摊企业成本，这种方法掩盖了企业的基本活动，忽视了影响成本的各项活动之间的联系，导致经济基础大相径庭的活动成本结合，而将属于同一项活动的劳动、原材料和间接成本等相关部分人为分离。按照现行的企业会计核算制度要求（11个科目），购买原材料所支付的物流成本是计算在原材料成本中的自运输费用和自用保管费用计算入销售费用。所以在现行会计核算制度下，企业发生的物流成本都列在“材料采购”、“管理费用”、“销售费用”、“财务费用”等账户中混合核算的。
1、统计方式的物流成本核算不要求设置完整的凭证、账户、报表体系，而主要是在不影响当前财务会计核算体系的基础上，通过对有关物流业务的原始凭证和单据进行再次归类整理，对企业现行成本核算资料进行解剖分析，从中抽出物流耗费部分，然后按照物流管理的要求对上述费用按不同的物流成本核算对象进行重新归类、分配、汇总，加工成物流管理所需的成本信息。
2、由于统计不需要对物流成本全面、系统和连续的反映，所以运用起来比较简单、灵活和方便。但是由于不能对物流成本进行联系、系统和全面的的追踪反映，所以得到信息的精确程度会受到很大影响，而且易流于形式，使人误以为物流成本管理是权宜之计，因此容易削弱物流管理意识。另外，在期末一次工作量比较大。如果在日常会计处理过程中没有做相应的基础工作，按不同物流成本核算对象进行成本归集时，有时也无法确定某项成本的具体归属。
3、以统计方式进行物流成本核算，平时不需要进行额外的会计处理，会计人员按照财务会计制度的要求进行会计核算，在会计期末（月末、季末、或年末）才进行物流成本的统计方法。具体说来，以统计方式进行物流成本核算的具体基本步骤：
4、通过对“材料采购”、“管理费用”账户的分析，抽出供应物流成本部分，如“材料采购”账户的外地运输费，“管理费用”账户中的材料市内运杂费等，并按功能类别、形态类别进行分类核算。
5、从“生产成本”、“制造费用”、“辅助生产”、“管理费用”等账户中抽出生产物流成本，并按照功能类别、形态类别进行分类核算，如人工费部分按物流人员的人数比例货物流活动的工作量按比例确定，折旧费、维修费按物流作业所占固定资产的比例确定。
6、从销售费用中抽出销售物流成本，包括销售过程发生的运输、包装、装卸、保管、流通加工等费用。
7、外企业支付的物流费用部分。现有成本的核算资料没有反应的供应外企业支付的物流费用，可根据在外企业交货的采购数量，每次以估计单位物流费用率进行计算；销售外企业支付的物流费用，可根据在本企业交货的销售量，乘以估计单位物流费用率进行计算。单位物流费用率的估计可以参考企业的物流供应、销售在对企业交货时的实际费用水平。
8、物流利息的确定，可按照企业物流作业所用资金占用额乘以内部利用率进行计算。
9、从管理费用中抽出专门从事物流管理人员的耗费，同时推估企业管理人员用于物流管理的时间占其全部工作时间的比率。由于客户退货成本及相应物流成本都计入管理费，也应该在计算物流成本时，将退货成本剥离出来。
10、废弃物流成本数额较小时，可以不单独抽出，而并入其他物流费用。委托物流费用的计算比较简单，在计算物流成本时总的原则是，单独为物流作业所耗费的费用直接计入物流成本，间接为物流作业耗费的费用以及物流作业与物流作业共同耗费的费用，应按一定比例，如按从事物流作业人员比例、物流工作量比例、物流作业所占资金比例等进行分配计算。
与会计方法的物流成本计算比较，由于统计方法的物流成本计算没有对物流耗费进行联系、全面、系统的核算，所以这种方法用起来比较简单、方便，但其结果的精确程度会受到一定的影响。
物流成本核算方法——混合法- 物流成本的核算的目的是更好地进行物流成本管理，因此企业可以按照物流成本管理的不同要求和目的的设置相应的成本计算项目，并根据成本计算项目所需的数据设置成本核算科目的明细科目。但是，过细的会计科目设置会给会计工作增加很多负担，是不经济的，因此，企业在设置会计科目前应该考虑物流成本核算可能给企业带来的收益，以及增加物流成本核算的科目将增加会计操作成本。在这种前提下，会计方法和统计方法相互结合的混合方法是企业物流成本核算的一个不错的选择。
- 这个方法实质是，将物流成本的一部分通过统计方法计算，另一部分通过会计方法反应，这种方法虽然设置一些物流成本账户，但不像会计方法那么全面、系统，而且这些物流成本账户不纳入现行财务会计成本核算的体系，是一种另外计算，具有辅助账户记录性质。
- 设置物流成本辅助账户。按物流领域设置（采购、生产、销售等）。
- 登记相关的物流成本辅助账户。在按照会计制度的要求编制凭证、登记账簿，进行正常的成本核算的同时，据此凭证登记相关的物流成本账户，进行账户外的物流成本核算。
- 对现行成本计算中没有包括但应该计入物流成本的费用，根据相关有关系统及资料进行计算，并单独设置台账反应。
- 月末，根据物流成本辅助账户所提供的成本信息，加上成本台账信息，合计编制各类型物流报告。
