不可否认，当今的黄河正面临着和长江一样的严峻形势，生物多样性大幅降低，个体化小，低龄化严重，珍稀特种鱼在多数河段已经绝迹。
外来物种的入侵给黄河生态带来了新的挑战。黄河上游是本土鱼类的大本营，但入侵的物种也更多，大银鱼、池沼公鱼等小型鱼类已实现自然繁殖，虹鳟鱼也成了强势的“搅局者”。虹鳟鱼是一种凶猛的肉食性鱼类，成年后的个体能长到120公分，体侧具有艳丽的彩虹样条纹，还被列进了世界上100种最具威胁性的入侵物种名录。
文献资料和钓捕案例均表明，虹鳟鱼已经成功侵入了黄河上游自然水域，最初来自于水库中的养殖网箱。有钓友反映称，曾多次在贵德段水产种质资源保护区内钓获虹鳟，大的已经长到10~20斤重。这些“漏网之鱼”对土著鱼产生的威胁急需评估，隐患不容忽视。
总结总体而言，黄河的水质确实正在变好，而渔业资源较上个世纪也确实明显缩水，两者之间看似矛盾，但实际上都有各自的深层原因。
黄河水质变好，一方面得益于上游黄土高原的植树造林、水土保持工作。据黄委统计，黄河的年均输沙量已经不足3亿吨，与原先统计的16亿吨相比降幅超过8成，“水少沙多”的格局正在发生改变（“水少沙也少”）。
另一方面则要归功于我国对黄河的污染治理，一些高污染的企业受到严惩，有效控制了污染源。黄河“三区一廊道”生态建设已经上升到了国家战略的高度上，未来的黄河必将越来越美好。
至于渔获量不断减少，原因也有很多。过度捕捞、水质污染只是次要因素，水利工程带来的影响更甚一筹。但黄河毕竟是条多沙河流，水库建设总体还是利大于弊，为上下游减淤、行洪做出了不可磨灭的贡献。
问题的难点是如何在不影响水库功能的情况下让黄河的鱼重新多起来。有专家指出，可以在小浪底等库区的库湾、库汊处放流“保鱼”，这些库湾是天然的生态屏障，即便在调水调沙期间也能留住鱼虾，重振渔业大有可为。
