后来嫉妒心强的胡克在多个场合怼上牛顿。报复心强的牛顿也屡屡拆胡克的台。
比如牛顿提出了光粒子学，即微粒说；而这一学说直接和法国科学界掌门人惠更斯提出的波动说相冲突。两人可以说展开了隔空论战。然而惠更斯成名已久，牛顿怼起来底气不足！
而胡克更是直接挺波动说，在著述《显微图像》中声称牛顿学说正确的部分是剽窃他的，其他部分则荒诞不经。面对两个人的夹击牛顿一气之下不再发表光学著作，等到胡克死后，才出版《光学》一书，全面论述微粒学说，构建了一个相当精致的体系。这时候惠更斯也已经死了，没有人能和牛顿唱对台戏。由于牛顿的权威，微粒学说被普遍接受，而波动说则遭到打压。
当然后来波粒二象性证明俩人都对了一半，两者完全可以有机结合！
当然了，两个人的舌战还有更多，比如牛顿认为平抛物体的轨迹是螺旋线，胡克就用十分恭敬的语言讽刺平抛物体的轨迹应该是椭圆的。
而其中最为知名的就是关于牛顿最大的贡献万有引力以及力学的论战。
大部分人都认为，万有引力定律是牛顿凭借一己之力推算出来的，事实上并非如此。事实上早在牛顿之前，开普勒就提出了行星三大运动定律，而胡克更厉害，1674年，胡克发表了一本名为《试证地球的运动中》的著作。胡克在这本书中阐述了自己的行星运动理论：一切天体都具有倾向起中心的吸引力或重力（似乎是在讲万有引力）；天体在未受其他使其倾斜的作用力前保持直线运动不变（仿佛又在讲牛顿第三定律）；离吸引中心越近，吸引力越大；行星的运动是惯性、外在引力和自身引力共同作用的结果。
