《星际迷航》系列的创始人者吉恩·罗登贝瑞是《星际迷航2》的“执行顾问”，此前他曾担任《星际迷航：无限太空》的制片人和未署名的联合编剧。作为剥夺其制片人职务的补偿，罗登贝瑞得到了一笔丰厚的报酬，并获准在续集剧本创作过程中阅读、评论剧本，但制片人没有义务执行他的建议。罗登贝瑞提出了很多很多的建议。
在1981年9月30日发给制片人哈维·贝内特的一份备忘录中，罗登贝瑞抱怨了由导演尼古拉斯·迈耶(Nicholas Meyer)撰写的最新版剧本中的军国主义:
我想让大家注意的主要是那些解释为什么《星际迷航》强调了人类的乐观未来的部分，以及那些预测如果我们把《星际迷航》描绘成一个像《太空堡垒卡拉狄加》、《巴克·罗杰斯》之类的军事化组织会如何损害这部剧的部分。
在备忘录的后面，罗登贝瑞再次提到了这些问题:
军礼之类的东西。对《星际迷航》来说，真的有什么好的理由改变它的格式，开始做这些事情吗?这包括柯克向联邦的标志致敬，人们在舰桥上宣布他的到来，以及这个国家所有老兵都讨厌的所有士兵和军官的废话。
最后在电影中，制片人折中处理。“准将登上舰桥”、准尉的哨子和受霍雷肖·霍恩布洛尔启发的新制服都保留了，但军礼被去掉了。
在电影中，特雷尔舰长和契科夫中校到达塞蒂-阿尔法5号星球时，他们没有意识到这就是20年前柯克将可汗和他的追随者们放逐的那颗行星(特雷尔和契科夫认为这是塞蒂-阿尔法6号星)。他们被抓后，可汗解释说，几年前，塞蒂-阿尔法6号星发生了爆炸，改变了塞蒂-阿尔法5号星的轨道，并在行星表面造成了破坏。“柯克准将，”他痛苦地说，“从没想过来检查我们的进展。”
但是，在早期剧本中，情况完全不同。迈耶最初的想法是，塞蒂-阿尔法5号星从一开始就是一片贫瘠的荒地，特雷尔和契科夫到达这颗行星时，他们甚至没有咨询之前对这颗行星的探索的数据库。罗登贝瑞在发给制片人哈维·贝内特的一份备忘录中强烈反对这些故事要点:
这个行星的描述与柯克可能把可汗和他的船员困在上面的行星或任何行星都不相符。柯克将人置于死地(即使我们可以相信他是一个“刽子手”)的这种想法直接违背了《星际迷航》的所有内容，即人类最终成长为一个成熟的、宽容的、非暴力的、尊重生命的物种……当然，最令人难以置信的是，在没有查看飞船计算机记录的情况下，就让信任号对塞蒂-阿尔法星系进行了一次随意的探查。
罗登贝瑞不仅在备忘录中提出了对这个问题的反对意见，他还提出了一个解决方案:
我们必须让我们的科学顾问把注意力集中在发生在这颗行星上的一场大灾难上，这场灾难不仅会改变它的外观，还会把它撞出原来的轨道。
在这一点上，迈耶听从了罗登贝瑞的建议，重写了剧本。使电影更符合原版电视剧中《太空种子》（Space Seed）一集的设定(将塞蒂-阿尔法5号星号描述为“可居住，虽然有点野蛮，有点荒凉”)，也使特雷尔和契科夫的行为更容易被接受。此外，他们还加深了可汗对柯克复仇的动机(20年来，没有派一艘船去探寻他?)
1981年8月底，哈维·贝内特面临着一个问题。《星际迷航2》的剧本经历了好几位编剧和无数个草稿，但没有一个是可以拍摄的。在几周内，分镜头剧本就必须敲定，否则工业光魔就没有足够的时间在电影上映前完成特效。
哈维·贝内特亲力亲为以一份名为《星际迷航2:世代之战》(Star Trek II: the War of the Generations)的单页提案开始了剧本创作。影片讲述柯克的儿子大卫领导了联邦殖民地的一起叛乱，后来发现他受到了可汗的蛊惑。由于不确定伦纳德·尼莫伊是否会回归，斯波克缺席了这个版本。
接下来，杰克·B·索沃德（Jack B. Sowards）接过接力棒，将贝内特的提案充实成一个大纲，推出了一个名为《欧米茄系统》（The Omega System）的剧本。在这个版本中，可汗(以及他“深爱的妻子”、活得好好的玛拉·麦吉弗斯)试图控制联邦的大规模*伤性武器(即欧米茄系统)。不过，这个项目并非由柯克的旧爱卡罗尔·马库斯主持，而是由珍妮特·华莱士博士主持(源自原版电视剧“The Deadly Years”一集)。斯波克出现了，但很早就死了，取而代之的是莎薇克(在这个版本中，是一个男性瓦肯人)。在流放多年后，可汗莫名其妙地发展出了超能力，并在与柯克的战斗中使用了这种能力。
然而，贝内特对索沃德的剧本并不中意，他聘请了原版剧集编剧塞缪尔·皮尔普斯(Samuel A. Peeples)，让他朝新的方向发展。皮尔普斯按照要求，交出了故事大纲和剧本，在剧本中，他抛弃了可汗这个角色，代之以一对神一般的外星人，名叫索津和马里。皮尔普斯还把莎薇克的性别变成了女性。贝内特也不喜欢这个版本。
还好，贝内特刚刚聘请了导演尼古拉斯·迈耶，他同时也是一名具有快速撰写剧本天赋的编剧。在审阅了最新的剧本草稿后，尼古拉斯·迈耶要求把剧本的每一个版本都发给他。他读了所有剧本，然后与贝内特和制片人罗伯特·萨林(Robert Sallin)会面，列出了每个版本中他们喜欢的东西。迈耶在2014年的一次采访中说道:
我们选了柯克和他儿子。我们选择了可汗。我们选择了“创世纪”。我们选了莎薇克中尉。这些都是其他剧本的元素，我用自己的对白和情节拼凑在一起。史波克可能在其中一份草稿中死了。我真的不记得了。已经很多年了。但我知道，我绝对把他放在了最后。然后，有一个我喜欢的模拟序列。那是在草稿的中间，所以我把它放在开头。
迈耶在几周内就完成了他的剧本草稿(先后命名为《新边疆》[The New Frontier]和《未知国度》[The Undiscovered Country])，并在11月开始拍摄电影。漫长而动荡的剧本创作过程就此迅速结束，迈耶甚至没有被列为编剧——如果他当时没有重写剧本，很可能《星际迷航2》就不会让他执导。
在《星际迷航2》剧本创作过程中，有很多的暂定名称。包括《世代之战》、《欧米茄系统》、《创世计划》（The Genesis Project）、《乌有世界》（Worlds That Never Were）、《新星际迷航》和《新边疆》。
不过，在拍摄开始的时候，这部电影被称为《未知国度》。导演尼古拉斯·迈耶喜欢这个名字，当他发现派拉蒙计划以《可汗的复仇》（The Vengeance of Khan)为名发行这部电影时，他勃然大怒。在1982年3月3日给派拉蒙高管弗兰克·曼库斯科（Frank Mancusco）的备忘录中，梅耶写道,新片名听起来像是“一部针对12岁儿童的廉价劣质电影”,并指出这是蓄意“模仿乔治·卢卡斯最新电影的片名”(即“绝地的复仇”,后改为“绝地归来”)。
哈维·贝内特也不喜欢派拉蒙拟定的新片名，在1982年3月10日，他向迈克尔·艾斯纳发送了一份备忘录，列出了他与尼古拉斯·迈耶共同想出的几个替代片名，包括《最后的边疆》（The Final Frontier）、《逃离伊甸园》（Escape From Eden）、《生死攸关》（A Matter Of Death And Life）、《创世之战》（The Genesis War）和《火的洗礼》（Baptism Of Fire）。
但是，梅耶和贝内特的请求被忽视了，1982年3月12日，一份新闻稿发布，其中写道:
《星际迷航:可汗的复仇》将是派拉蒙影业电影部门将于1982年6月4日全国发行上映的第二部讲述联邦星舰企业号及其船员星系冒险电影的片名,这一消息由派拉蒙电影发行部总裁弗兰克·G·曼库斯科今日宣布。
然而，仅仅一个月后，派拉蒙的高管们又改变了主意——也许是担心引起观众对即将上映的《星球大战》续集的困惑——转而选择了现在熟悉的《星际迷航:可汗之怒》。这部电影也被称为《星际旅行2：可汗之怒》，但值得注意的是，这部电影的70毫米胶片和一些推广搭售产品，包括官方小说，片名中并没有罗马数字“II”。
在电影上映前一个月，迈耶得到了为詹姆斯·霍纳的配乐专辑发行写内页说明的机会。他在内页注释中赞扬了霍纳的音乐，但他也评论了派拉蒙授权的片名变更:
我唯一要附加说明的是片名，片名是有误导性的，因为它是派拉蒙公司的高管们加上的，而他们并没有看过他们提议重新命名的这部电影。我只想说，就主题意图而言，在拍摄之前和整个拍摄过程中，我们剧本的标题一直是:《星际迷航2:未知国度》（STAR TREK II: THE UNDISCOVERED COUNTRY）。
迈耶同意，他的内页注释可以编辑标点符号，但不能因为任何其他原因被删掉。虽然霍纳的配乐已经以多种格式发布了很多次，但尼古拉斯·迈耶最初的内页注释从未被采用。
