多年来，对于《星际迷航2》最初是否打算拍成电视电影，以及如果打算拍成电视电影，何时又决定在影院发行，人们一直存在一些困惑。1981年9月9日，《每日综艺》(Daily Variety)刊登了一篇报道(当时迈耶正在疯狂地改写剧本)，其中指出，距离开拍只有两个月的时间，电影计划仍处于不确定状态:
派拉蒙将在海外上映这部电影，但决定在国内采取“观望姿态”。它曾一度被计划为两小时的电视电影，后来被预期为院线片。
派拉蒙显然对这个报道很不高兴，在1981年9月18日发布新闻稿宣布电影开始制作时，派拉蒙负责人迈克尔·艾斯纳借此机会否认曾考虑过制作电视电影:
艾斯纳说，与所有未经证实的报道和对这个项目不可避免的猜测相反，《星际迷航2》一直打算作为一部在美国和加拿大以及国际地区上映的足本电影。
然而，派拉蒙高管鲍勃·罗森鲍姆(Bob Rosenbaum) 1981年9月29日的一份备忘录显示，该项目直到1981年6月9日，其构思和预算仍是打算制作电视电影。只是在那之后的一段时间，计划才发生了改变，根据罗森鲍姆的备忘录，预算正在调整，以满足院线片的额外成本:
管理层上院线、变形镜头拍摄的决定改变了一些事情。大银幕上的细节比在电视上更明显。场景构造、布景装饰、特技效果、服装，当然还有特殊光学效果，都要复杂得多。加上剧组知道这是一部重要的电影(就像之前宣布的那样)，他们不会为低于院线片的片酬工作，使得[电视电影]的预算不断增加。
当开始拍摄时，毫无疑问，这部电影已确定将在影院上映。例如，1981年10月9日，《华尔街日报》刊登了一篇文章，推测斯波克的死亡将对电影的国内票房产生影响，随后的报纸报道预计电影将在1982年夏天上映。
任何关于派拉蒙在看过这部电影后才决定将其升级为院线上映的传言都是夸大其词。
原版《星际迷航》电视剧常常对具体的发生时间模糊不清。吉恩·罗登贝瑞在1964年3月11日开始拍摄的第一季并没有确定时间背景，只是说:“可能是1995年，也可能是2995年。”大多数事件都倾向于默认发生在未来200年左右，不过也有一些事件发生在截然不同的时间框架内。1968年出版的《The Making of Star Trek》一书中大量提到23世纪，意味着该系列的时间背景(至少)是在242年后。
当电影《星际迷航：无限太空》上映时，对白更明确地将事件背景放在了23世纪(德克尔说旅行者6号探测器是在300年前发射的)，一些营销材料甚至把这部电影宣传为“现在的23世纪奥德赛”。《星际迷航2:可汗之怒》进一步确认了这个时间，影片开头的故事背景介绍字幕中直接写着:“在23世纪……”
但《星际迷航2》中的大量对话却与此不符!在电影中，可汗说他和他的追随者在1996年离开了地球，这与《太空种子》相吻合。可汗还说过两次，他是“200年前”的王子，将这部电影的时间背景直接放置在了在22世纪。这也与《太空种子》相吻合，在那一集中，柯克告诉刚刚复活的可汗，他有“200年的时间要追赶”。
为什么会出现这种差异呢?原来关于《星际迷航》的拍摄时间内部存在分歧。尼古拉斯·迈耶的剧本让可汗说他是300年前的一位王子，但当剧本被送到de Forest研究会进行审查时，他们指出:“电视剧中有几集剧本已经确定《星际迷航》距今约 200 年。”梅耶是《星际迷航》的新手，在这一点上，他听从了de Forest研究会的意见。改了可汗的台词。de Forest研究会的备忘录中没有提到影片开头的字幕介绍;据推测，这段字幕并没有出现在迈耶的剧本中，是后来加入的，就是为了逃避他们的审查。
柯克船长和可汗·努尼恩·辛格在《星际迷航2》中从未见过面。两者之间的每一次互动都是通过显示屏幕或通信器进行的。在拍摄期间，威廉·夏特纳和里卡多·蒙特尔班的互动更少，两人甚至无法同场对台词(可能是因为日程冲突，1981年两人分别忙于拍摄《胡克警探》和《幻想岛》)。
在1994年的一次采访中，里卡多·蒙特尔班评论说:“我不得不和女场记员一起演台词，你可以想象，她听起来一点也不像比尔。”如果你有机会听到电影的原始制作音频，那只会提升你对蒙特尔班的表演的欣赏。在电影中，你能看到的一切都是他自己来的，唯一的协助就是剧本指导玛丽·简·弗格森(Mary Jane Ferguson)在旁边温和地把柯克的台词念给他听。
一些传闻甚至声称夏特纳和蒙特尔班从未在片场见过面，但这并不完全是真的。夏特纳和蒙特尔班一起出现在了创世纪洞穴拍摄的一系列宣传照片中，虽然蒙特尔班并没有穿戏服。
然而，在梅耶最早的剧本中，柯克和可汗其实见过面，甚至还进行了一场剑斗(柯克输了，但活了下来)。但是，由于预算的原因，这一幕在重写剧本时被删掉了，并且没有再增添这两个角色会面的场景。
剧情泄露是几乎所有《星际迷航》电影都遭遇过的问题。《星际迷航2》采用了各种各样的尝试来预防泄密。1981年11月18日，就在正式拍摄开始几天后，罗伯特·萨林发出了一份备忘录，要求日报仅列出“演员、工作人员和制作人员”。在同一天，他还发出了在拍摄期间参观片场的详细说明。
没有通行证，任何人不得进入，在计划拍摄“故事敏感”场景的十天内，无论是否有通行证，都不允许访客进入。哈维·贝内特甚至让他的秘书在每一份剧本中都插入了独特的拼写错误，这样如果一份剧本泄露了，他们就能追查到罪魁祸首。(当一份剧本副本被发现时，肇事者很快就被找了出来，不是别人，正是吉恩·罗登贝瑞。)
查看电影的拍摄日程表，你会发现剧组采用了一种更为幽默的方式来避免某些情节泄露。在1982年1月26日到29日主要拍摄尾声阶段(尽管剧组在3月重新集合，进行了一些补拍)，日程文件中省略了准确的场景描述，而采用了滑稽且明显不真实的场景描述。例如:
INT。企业号舰桥-日:蜂巢爆炸。剧组人员散开寻找掩护。
INT。反应堆室-日:斯波克复活了，非常生气。发誓要向柯克报仇。
INT。反应堆室-日:史波克*了柯克。掌管企业号。让苏鲁去吃寿司。
