但是，一个问题出现了，元朝定都大都以后，大运河继续通过河南转运，反而是舍近却远。因此，元朝决定改变大运河的航道。利用10多年的时间，建设了现在的京杭大运河。大运河不再需要经过河南转运，而是直接从江淮等地，进入山东、河北等地。随着大运河航道的变化，一座新城市迅速崛起，那就是山东与河北交接的临清。
1368年，朱元璋建立了明朝，元朝势力败退北方草原。明朝沿用了元朝的行省区划，并且进一步完善，最终，形成了两京十三省的区划格局。由于明朝拥有南北两个都城，所以出现了南北两个直隶。临清位于北直隶与山东省的交界线上，同时正好处于大运河航道的转弯处。因此，大量的内河船只在临清停靠、补给，各种商品在临清上岸，然后运往山东、北直隶的各地。
在北方城市中，临清非常繁华。李氏朝鲜官员崔溥曾经出使明朝，并且把自己一路上的见闻，写成了一本《漂海录》。按照其中的记载：“临清州其城中及城外数十里间，楼台之密、市肆之盛、货财之富、船舶之集，虽不及苏、杭，亦甲于山东，名于天下矣”。明朝名臣王世贞曾经在山东省上任，评价临清州；“临清大贾沃饶,舳舻以千计。”
小说《金瓶梅》中，对于临清州的描述更加详细：“到了临清，这临清市上，是个热闹繁华大码头去处，商贾往来之所，车辆辐辏之地，有三十二条花柳巷，七十二座管弦楼。”17世纪中期，清朝逐步消灭了各地的农民起义军、南明势力，确立了自己的统治。在清朝统治期间，临清州仍然是繁华所在，属于山东省下辖的一个直隶州。
为了确保大运河航道的畅通，清朝专门设立了漕运总督。不过，在清朝统治的后期，大运河的航道出现了年久失修、淤泥增多、河堤崩塌等一系列问题。再加上太平天国运动的破坏，清朝的大运河航运几乎崩溃。最后，清朝不得不开始“漕粮海运。”此时，大运河的航运作用大大下降，依靠大运河崛起的临清州，开始逐步凋零。
清朝在近现代历史上一败再败，需要承担高额的战争赔款，根本无力重新修建大运河。1912年，清朝灭亡以后，我国进入了军阀混战的复杂阶段。各地经济遭到了严重的破坏，各路军阀忙于争夺地盘，根本无心管理大运河。截止建国之前，大运河一直处于半瘫痪状态。1949年，新中国建立。进入50年代初期，随着大规模战争的结束，我国进入了战后重建、恢复生产、发展建设的阶段。
为了重现大运河的繁华盛况、发展经济、疏通河道，我国调集各方面的人力物力，对大运河的修建工作开始了。由于大运河两岸的土地，犬牙交错，分别隶属于河北省、山东省。治理大运河需要调配各方面的力量，出于治理大运河的需要，在五六十年代，河北省与山东省的交界地区，先后进行了两轮区划调整。
1964年，在调整两省交界地区的过程中，临清在卫运河以西的尖冢、童村、下堡寺、吕寨、老官寨等乡镇，划入了河北省邢台专区管理。由于这些乡镇在临清以西，1965年，河北省在这些乡镇的基础上，再加上周边其他几个乡镇，组建了临西县。目前，临西县隶属于河北省邢台市管理，临清县级市则隶属于山东省聊城市管理。
