人体免疫系统分特异性免疫和非特异性免疫两个方面。胃酸的存在使得胃内环境不适合绝大多数病原微生物生存，从而为整个消化道提供了重要的非特异性保护。
PPI的抑酸作用破坏这一保护机制，可能增加感染的风险。目前对感染的关注主要集中在胃肠道和呼吸道两个方面，有研究表明长期服用PPI是肺炎、腹膜炎、耐万古霉素肠球菌定植、念珠菌血症的危险因素。
胃酸有两个强大的防御功能:
首先，它是人体的外源性病毒的第一道防御，胃酸本身是最强大的*菌利器，我们每天吸入那么多病毒，细菌，都有可能被胃酸*死。
第二:肠道内的细菌不会通过胃酸，进入食道，感染机体。
正常情况下，胃酸在PH值1-3之间，病毒、细菌在胃酸内存活不能超过15分钟（唯一能生存的，只有幽门螺杆菌）。
但是，吃了降酸药之后，PH值可能到5.5-6.5之间。
没有了胃酸，整个胃就是一个滋生细菌的温床，黑暗，温暖，潮湿，简直就是细菌的天堂。
2.1 胃肠道感染：
消化道是与外界相通的开放系统，每天与大量病原物质接触。胃肠道黏膜本身及其拥有的正常菌群可通过复杂的机制防止局部和全身感染的发生。
PPI对这一保护机制可能造成如下影响：
首先，正常情况下胃内pH为1~2，足以灭活大部分随食物进入胃内的细菌，阻止它们进入肠道；而长期使用PPI的人群，其胃内pH可达到6~7，失去胃酸屏障将导致胃内细菌定植和肠道菌群过度生长。
其次，胃酸及胃蛋白酶在食物消化方面起着重要作用。
此外，PPI还具有延长胃排空时间、降低胃内黏液黏度等作用。这些因素均可削弱胃肠道的自我保护能力，增加胃肠道感染的可能性。
PPI所致胃肠道感染的主要表现是腹泻。有研究发现长期服用PPI患者腹泻的发生率增加。
2.2 肺部感染：
PPI引起肺部感染的机制包括两个方面：
一方面，抑酸作用引起的胃内pH升高不仅造成胃内细菌过度生长，带菌胃液的反流还会继发性地造成咽部细菌定植。当咽部的分泌物或反流到咽部的胃液发生误吸时，这些细菌就有可能进入下呼吸道繁殖，引起肺炎。
另一方面，除壁细胞以外，H＋-K＋-ATP酶在呼吸道也有表达，如喉部和肺内的腺体，PPI对这些腺体的抑制可能也会降低呼吸道局部的非特异性免疫力。
但有意思的是，他们发现随着用药时间的延长，PPI组CAP的发病率在逐年下降。甚至发现长时间使用PPI并不会增加社区获得性肺炎的发病率，而在开始PPI治疗的第2、7和14天，患者罹患CAP的危险度分别为615、318和312。
这一现象提示，长期使用PPI的人群中胃食管反流病患者占很大比例，CAP发病率的增高是否是反流导致的后果，而PPI的使用只是一个标志，这一设想尚需要进一步的临床研究证实。
胃酸和胃泌素存在明显的负反馈关系。胃内酸度降低可以促进胃窦G细胞产生胃泌素，胃泌素一方面直接刺激壁细胞分泌胃酸，另一方面刺激分布于胃肠道黏膜中的肠嗜铬样细胞（enterochromaffin like cell，ECL）释放组胺，组胺再通过组胺受体刺激壁细胞分泌胃酸。任何抑酸药或疾病导致的低或无胃酸状态均会引起血清胃泌素浓度的反应性升高，长期应用PPI的患者也不例外，其胃泌素水平可见到2~6倍的上升，一般在250 pg·mL-1以下，很少超过500 pg·mL-1，这大致与迷走神经切断术后的水平相当，远小于恶性贫血患者的水平。
胃泌素控制胃肠道干细胞的分化，还对ECL细胞、壁细胞以及胰腺、结肠内一些类型的上皮细胞具有促生长作用，因此，高胃泌素血症是否会导致这些细胞突变、增生、癌变的问题引起了临床的关注。
