最后一种方式就是秸秆原位就地还田。从国家和企业层面，算经济账，这是最合算的一种方式，既不用投资资源化利用设备，也不用承担收集储运成本；农民耕地时直接翻埋到田里即可。因此，从政策方面，一边进行严厉的秸秆禁烧，另一边进行广泛的秸秆还田宣传动员。
但是，随着秸秆还田的实施，很多农民朋友发现，以旋耕为主体的秸秆还田方式带来了很多生产实际问题。
第一，在旱地秸秆还田后，种子出苗率很低。我们自己的研究结果也确实支持这一点。我们种的是小麦，前季作物是水稻。水稻秸秆旋耕还田之后，与不还田相比，小麦的出苗率至少降低15%。这主要是旋耕的深度不够，一般只有10公分左右，大量秸秆集中在耕层，形成了很多孔隙，导致种子与土壤接触不实，不能从土壤中吸收足够水分而无法发芽。
第二，秸秆还田后作物苗期发黄。这是缺氮症状。主要原因是作物秸秆富含易分解的有机碳，而土壤微生物往往由于碳源不足而生长受到限制。秸秆一旦进入土壤，微生物得到充足碳源也就开始大量生长。微生物大量生长繁殖的时候，不仅吸收秸秆的碳源，还会吸收土壤的氮、磷等有效养分。这就直接导致，土壤中可以被作物幼苗吸收的有效养分含量大大降低。土壤养分供应不足，作物苗期生长也就受到了影响。
第三，病虫害加剧。这一点，很多农民朋友都有切身体会。学术界现在也有确切的研究结果来支撑这一点。华中农业大学黄俊斌教授发现，在水稻孕穗期秸秆还田土壤，纹枯病病原菌含量与不还田土壤相比增加了1.2倍，水稻纹枯病病情指数增加18%-45%。
