章鱼博士和其他反派们来到主宇宙的奥斯本公司，试图窃取维度旅行技术，彼得尝试阻止他们，但压根不是这几人的对手，彼得被扔到一边，奇异博士救了他，并说他们需要更多的帮助。
奇异博士带着彼得进入到了两个不同的宇宙，我们看到托比·马奎尔蜘蛛侠已经和MJ结婚了，他们还有一个女儿。而安德鲁·加菲尔德蜘蛛侠已经是一名大学教授。两位蜘蛛侠跟随奇异博士和彼得来到主宇宙。
通过与自己世界的某种精神联系，反派们感知到了他们世界的蜘蛛侠马上就要到来，他们通过奥斯本的设备打开了另一个多元宇的单向通道，犀牛人闯入其中，至此邪恶六人组到齐，分别是绿魔诺曼·奥斯本、章鱼博士、沙人、蜥蜴博士、电光人和犀牛人。奥斯本最后知道了打开宇宙之间双向通道的办法，就是利用史塔克的反应堆能量来驱动跨纬度装置。
最后的战斗发生在自由女神像上，五个反派对战蜘蛛侠，奥斯本则计划利用自由女神像来打开他们世界与主宇宙之间的通道，并做好了诱捕蜘蛛侠的准备，让人意外的是，托比蜘蛛侠被被反派们合力围攻，最后在战斗中牺牲。
绿魔带着跨纬度装置出现，并且绑架了内德，这个装置已经被激活，剩下的两位蜘蛛侠不仅要毁掉装置，还要设法保护内德，战斗中绿魔使用南瓜炸弹，内德意外牺牲。
荷兰弟版本的蜘蛛侠怒了，他最后差点*死了绿魔，但是被加菲版蜘蛛侠制止，因为他不想荷兰弟版蜘蛛侠失去控制，变得嗜血。
